召唤Linux

Linux

• 本质上是个操作系统，和Windows，Mac性质一样
• 操作靠键盘输入命令行来实现 我们常用的Windows主要是靠鼠标点击实现操作，方便快捷
• 采用目录结构，目录相当于windows的文件夹，linux系统没有C/D/E/F盘，文件系统呈树状。
  所以别被后头什么路径、目录之类的名词唬住，这些东西实质上就是一个个的文件夹
• 整个系统并不智能，但是很忠实，不会自作主张，你输入什么，它就会做什么。
  系统的智能化程度贼低，在Windows中鼠标移动单击这样的操作，在linux中都尼玛需要通过输入命令来实现
• 更具体的可以看看这里

学生信的为啥都要用linux

• 生物软件基于linux，系统开源、免费，不需要图形界面，有效节约资源。
• 命令行模式可以批量、高效地处理文件，满足数据分析的要求。
• 说白了就是现在硬件技术比较不过关，用那些花哨的系统运行多半会死机 所以量子计算机快点出世吧

怎样召唤linux--关于阿里云服务器

• 阿里云免费服务器请点击这里
  用户名和密码直接用淘宝的， 毕竟都姓马 或者自己注册也行，免费试用一个月

• 点免费领取=》登陆=》最下面支付宝图标（点击使用支付宝扫码登陆）=》实名认证=》返回领取
  在"免费套餐"的个人版中选择“云服务器ECS”，后点击右侧的“免费领取”
  具体是下面这样子滴

  

• 弹出窗口“补充产品信息”，选择“华北2”，在操作系统中选择CentOS/7.4 64位（CentOS为Linux常用操作系统），之后把服务协议勾上，点击“立刻运行”
  具体是下面这样子滴

  
• 在新弹出的界面中点击右上“控制台”
  之后在控制台界面的左侧工具栏中点击“云服务器ECS”（图标为三道横杠）
• 在“概述”中点击 “我的资源-华北2-云服务器1”，下跳至“实例”

• “实例”中显示“实例ID/名称”，下面左侧第一行是实例ID，第二行是实例名称

  • 实例名称可以直接修改（点击“名称”后面的“画笔”标志，完成重命名）
  • 登录密码的修改需要点击右侧“更多”=》密码/密钥=》重置密码，然后重新设置远程登录密码
    
  • 实例ID的修改 其实也可以不改 需要点击右侧“更多”=》实例设置=》修改信息，然后重新设置ID
    
    

• 修改完成后一定要重启，一定要重启，一定要重启，修改才会生效

  • 重启需点击右侧“更多”=》实例状态=》重启，点击之后要等一会儿重启才能完成，重启完成后，就可以远程登录了
  • PS：需要注意的是“IP地址”栏中显示的公共地址（公），这个在下面会用到
    

怎样登录服务器

• 在Windows系统下，登录使用的是putty的终端（terminal），putty在百度自行下载

• 首次远程登陆的用户名是root用户，也就是管理员用户登陆

• 点击putty的终端，在Host Name (or IP address)中输入之前阿里云root的公网IP，点击open，之后会弹出一个对话框，选择yes，之后就正式进入工作界面
  

  

• 界面中显示login as：在后面输入你的用户名（也就是root）
  

  
  接着会让你输入密码，直接将之前设置的远程登录密码敲进去就行
  • PS：在密码的输入过程中，密码本身是不会在界面上显示的，不要怀疑系统停运或是键盘坏了之类的，直接把密码正确输完，然后敲回车就能进去
    密码输入完成是下面这个样子滴，注意绿色光标前面已经变成了[root@MiMiMi]，表示你现在在一个叫做MiMiMi的root目录 文件夹下
    

linux的基本操作

• 这里开始就是重头戏了，几种常见的linux命令 主要是文件夹建立删除，文件建立删除修改之类的
• 此处事先说明，重启程序能够解决绝大多数问题，包括但不局限于输入错误、电脑卡死什么的
  如果有什么是重启程序搞不定的，建议重启电脑

  • pwd：print working directory，指打印（显示）当前路径，可以理解为Windows中的显示当前文件夹，当前路径是/root
    PS：在# 后输入pwd，然后回车，会显示/root，表示打印当前路径 显示当前文件夹 完成，下面的绿色光标表示你依然在root@MiMiMi路径下进行操作
    

    

  • mkdir：make directory，指创建空目录（路径），可以理解为在root这个总目录 文件夹 下创建新的目录 文件夹，输入时为mkdir+空格+目录名 文件夹名称，输入后没报错则表明创建成功
    PS：在#后输入mkdir biosoft，然后回车，会在root目录（文件夹）下创建一个名为biosoft的新目录文件夹
    PPS：可以同时创建复数个新目录
    

    

  • ls：显示列表，显示当前目录下 文件夹中 的所有内容，包括目录 文件夹 及文件，直接输入ls即可
    PS：在#后输入ls，然后回车，就会显示当前目录下的所有目录及文件
    下图中蓝色文字为前面创建的5个目录
    

    

  • rm：remove，指删除操作，删除文件和目录 文件夹 的指令不相同
    删除文件：rm+空格+文件名
    删除空目录：rmdir+空格+目录名
    删除有内容的目录：rm+空格+-r+目录名
    PS：在删除有内容的目录时，系统会逐个提问你是否删除目录，是否删除目录里的文件 贼麻烦，全部输入yes就OK

    • 下图中，原本在root@MiMiMi目录下有biosoft, del, project, src, tmp五个空目录，通过输入rmdir del/，删除了del目录，所以再次显示的时候就只剩下了biosoft, project, src, tmp四个目录
      
    • 下图中，原本在root@MiMiMi目录下有biosoft, project, src, tmp四个空目录以及 home.txt 这一个文件，通过输入rm home.txt，删除了文件home.txt，所以再次显示的时候就只剩下biosoft, project, src, tmp四个目录；
      注意在输入rm home.txt 之后，系统提示是否remove这个文件，输入yes
      
    • 下图中，原本在root@MiMiMi目录下有biosoft, project, src, tmp四个目录，其中src目录下又有一个名为 hello.txt 的文件，通过输入 rm -r src，删除了src目录，所以再次显示的时候就只剩下biosoft, project, tmp三个目录
      注意在输入rm -r src之后，系统会依次提示是否进入src目录（descend into direct 'src'?），是否删除src目录下的hello.txt 文件（remove regular file 'src/hello.txt'?），以及是否删除src目录（remove direct 'src'?），全部输入yes
      

  • cd：change directory，指进入某一个目录 相当于Windows中的双击文件夹，输入时为cd+空格+目录名
    cd - 指返回前一个目录 相当于Windows中的“返回”，输入时为cd+空格+-
    cd ~ 指直接返回主目录输入时为cd+空格+~+空格+目录名

    • 下图中，原本处在root@MiMiMi目录下，通过输入 cd tmp，进入了root@MiMiMi tmp 目录下
      

      

    • 下图中，原本处在root@MiMiMi tmp 目录下，通过输入 cd -，重新回到了root@MiMiMi目录下
      

      

    • 下图中，原本处在root@MiMiMi tmp 目录下，通过输入 cd ~，返回到了主目录root@MiMiMi下
      

      

  • vi：visual，指新建文本文档 终于不再是文件夹了
    文档简历后，点击“i”，就可以在文档中输入文字了
    内容输入结束后，点击“ESC”，即可结束对文本的编辑
    之后输入“：x”，就完成了对文档的保存和退出

    • 下图中，在输入“vi hello_world.txt”之后，下面出现了很多行的蓝色~，显示已经在root@MiMiMi目录下建立了文件 “ hello_world.txt”
      

      

    • 下图中，在点击“i“之后，就可以在“ hello_world.txt”文件中进行编辑写作了，这里写了10行的miaomimi
      

      

    • 下图中，在点击“ESC”之后，图片中的 “--INSERT--” 消失，表明对文本的编辑结束了
      

      
      

    • 下图中，在输入 “:x” 后点击回车，则界面由文本界面回到目录界面，表明对该文档的保存和退出工作已完成
      

      
      

  • cat：catenate，指查看并将内容直接输入到屏幕，输入方法是 cat+空格+文件名
    head+文件名：默认输出前10行
    tail+文件名：默认输出后10行
    head+空格+-n+X+空格+文件名：输出从开头到第X行（这里注意head和-n之间必须有空格，-n和X之间的空格可有可无）

    • 下图中，在输入cat hello_world.txt 之后，屏幕上显示了hello_world.txt文件的全部内容，即10行的miaomimi
      

      

    • 下图中，在输入 head -n 5 hello_world.txt之后，屏幕上显示了hello_world.txt文件中从头至第5行的内容，即5行的miaomimi
      

      

  • cp：copy，指复制文件，输入方法是cp+空格+文件名A+空格+文件名B

    • 下图中，在输入 cp hello_world.txt new_file.txt之后，显示在root@MiMiMi目录下的hello_world.txt文件被复制，且复制得到的新文件名为new_file.txt
      

  • mv：move，指将文件移入目录文件夹，输入方法是
    将文件移入目录：mv+空格+文件名+空格+目录名
    文件重命名：mv+空格+文件名+空格+新文件名

    • 下图中，root@MiMiMi目录下原本有 hello_world.txt 和 new_file.txt 两个文件，在输入 mv new_file.txt home.txt 之后，root@MiMiMi目录下的两个文件变成了hello_world.txt 和 home.txt， 显示原来的文件 new_file.txt 已经被重命名为了 home.txt
      

      

    • 下图中，root@MiMiMi目录下原本有 hello_world.txt 和 home.txt 两个文件，在输入 mv home.txt tmp/ 之后，root@MiMiMi目录下文件就只剩下 hello_world.txt 了；通过输入 cd tmp/ 进入 tmp 目录，再输入 cat home.txt ，发现 home.txt 文件中的内容（10行miaomiaomiao），说明文件 home.txt 已经被移入了 tmp 目录
      

      

其它

• 大概就是这样子了，拖了一天多，好歹写完了，我的标准是 没有蛀牙，毕竟牙都坏了好几颗了 只要还有基本的理解力，就应该看得懂这份笔记
• PS：这里面的很多图都是直接从生信星球截的，版权啥的就被深究了，反正小洁也没法咬我。另外，如果她看到了这一段就说明有好好看作业，不然我就可以开开心心的吐槽她了