快速实现人和小鼠之间的同源基因转换

我们知道小鼠是一个研究很多的模式生物，有很多生物学研究，以及一些临床研究都是在小鼠上做的。那么小鼠里面研究的这个基因在人里面有没有，对应的具体又是一个什么基因，这是我们经常需要面临的一个问题。

今天小编就来跟大家探讨一下如何快速查找物种间对应的同源基因。这里给大家介绍两种方法。我们以人和小鼠之间的同源基因举例，其他物种依次类推。

方法一、直接查找NCBI的homologene

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/homologene

我们以TP53这个基因为例，在搜索框中输入需要查找的基因名字，这我们搜人的TP53在其他物种里面的同源基因

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点击search之后会得到下面这张表，你会找到TP53在大鼠，小鼠以及其他一些物种里面的同源基因的名字

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方法二、使用R包****homologene

上面提到的方法仅支持少数几个基因的检索，如果你手上有成百上千个基因需要查找同源基因，显然一个一个去查就不现实了。下面我们用R代码来批量做

#安装homologene这个R包
install.packages('homologene')
#加载homologene这个R包
library(homologene)
#这里以小鼠的三个基因为例
#更多基因方法是一样的
genelist<-c("Acadm","Eno2","Acadvl")
#使用homologene函进行转换
#@genelist是要转换的基因列表
#@inTax是输入的基因列表所属的物种号，10090是小鼠
#@outTax是要转换成的物种号，9606是人
homologene(genelist, inTax = 10090, outTax = 9606)

我们可以得到如下结果，后面两列对应的是Entrez gene ID

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有人可能会问，我怎么知道每个物种的物种号是多少？别急，这个包有个函数可以输出支持的物种号列表

#输出homologene支持的物种号
homologene::taxData

是不是很贴心，基本上常见的一些物种都是支持的

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对于像小鼠和人这种经常用的物种，甚至拥有自己的函数

mouse2human(genelist)

会得到相同的结果，都不需要知道物种号了

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反之亦然

human2mouse(c("ACADM","ENO2","ACADVL"))

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