Seurat (v3.0)object的结构组成
2019-05-29 本文已影响8人
阿糖胞苷_SYSU
Seurat object的slots
@assay的slots
@assay的slots
assay的slots主要有6个:
counts:主要是 counts或者TPKM的raw data,未经normalized
data:是经过normalized的表达矩阵
scale.data:是已经scaled out的表达矩阵
key:是含有该assay的名称的字符串
var.features:可变的基因的向量
meta.features:基因水平上的meta.data
colMeans:计算基因在所有细胞的平均表达量
colSums:计算基因在所有细胞的平均表达总和
@DimReduc的slots