linux环境下的软件安装

今天的学习内容是：

linux如何安装软件？

 --第一步，简单了解conda--“linux的应用商店”

 --第二步，给你的服务器下载conda-我们用它的精华版--miniconda就可以。

 --第三步，安装和配置miniconda

 --第四步（重点），使用miniconda，也就是查看已安装的软件、搜索、安 
  装、卸载（生信需要的）软件，我们以fastqc为例，其实安装软件很复杂， 
 甚至有专门的一门课来讲这个，今天这里仅是入门操作。

 --第五步（选修），不同的生信实战项目，需要定制conda的分身。

#查看服务器是多少位的：输入命令
uname -a
#进入目录
cd ~/biosoft
#下载
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.8.2-Linux-x86_64.sh
#安装（latest改为版本名）（过程中需要按照提示点击enter或输入yes）
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#激活
source ~/.bashrc

准备工作完成！

#查看服务器上所有软件列表
conda list
#搜索conda软件（这里以数据质控软件fastqc为例）
conda search fastqc
#安装软件 
conda install fastqc -y
#卸载软件 
conda remove fastqc -y

软件安装完成！

什么是“conda环境”？

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。

#先查看当前conda有哪些环境(前面带*的就是默认的)
conda info --envs 
#以转录组数据处理为例：先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的）
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#检查此时的conda环境
conda info --envs
#激活新的conda环境
conda activate rna-seq
#退出当前环境
conda deactivate