mapchart 是一款 windows 系统软件，可以用来绘制基因在染色体上的位置信息。本节将生成 mapchart 的配置文件，用来作图。

准备文件

mcscanx gff文件,非gff3

mcscanx gff文件
mcscanx 串联复制基因结果文件
mcscanx 串联复制基因结果文件
基因家族ID列表
序列长度文件
序列长度文件
关于准备文件上一篇都有讲到

用一个perl脚本生成mapchar配置文件

perl ./get_mapchart.pl \
genome.len \ # 输入，序列长度文件
Ft.gff \ # 输入， mcscanx gff文件，非gff3
Ft.tandem \ # 输入，mcscanx 串联复制基因结果文件
Ft.geneID \ # 输入，基因家族ID列表
> Ft.mapchart.mct # 输出mapchar配置文件

画图

将该文件下载到桌面，使用 mapchart 软件作图并调整。

配置文件
S为起始E为书结束，单位为Mb
第一列id，第二列位置长度，第三列代表颜色
关于mapchart的下载和使用可以参考网络教程
结果图

欢迎关注Bioinfor 生信云微信公众号