TCR 聚类软件——Gliph2 安装

GLIPH2是一个TCR序列功能聚类的软件【Analyzing the Mycobacterium tuberculosis immune response by T-cell receptor clustering with GLIPH2 and genome-wide antigen screening 】。该软件主要基因global算法和local算法，其中global算法为整条序列相似，local算法为基于motif算法即仅几个氨基酸序列一致。该软件在第一版的基础上进行了更新，主要优化了4点：

1、一条TCR可以聚在多个cluster中；

2、相同长度且氨基酸相同的TCR聚类扩展到相同序列或者相同BLOSUM62打分的序列（global）(这一步实质是对第一版global算法的条件放宽)；motif的长度限制在3个氨基酸；

3、motif的差异直接进行fisher检验而不是抽样（此处为与naive TCR序列的比较）；

4、N端和P端的氨基酸额外的权重。

性能如何？

常用软件的比较

从文章中提供两个图来看，a图随着噪音序列的加入，GLIPH2聚类的效果稳定，切准确度较高，从b图看，GLIPH2的速度在保持高性能的基础上速度也不错。

下载

文献中提供的两种方法，一个网页版，一个是提供了代码，代码在附件中。

安装

1、查看GLIBC版本

strings /lib64/libc.so.6 | grep GLIBC

2、GLIBC版本应为：GLIBC_2.14

3、安装GLIBC2.14版本，我安装的2.15

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.15.tar.gz  

wget http://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-ports-2.15.tar.bz2

tar -xvf  glibc-2.15.tar.gz  

tar -xvf  glibc-ports-2.15.tar.gz  

mv glibc-ports-2.15 glibc-2.15/ports  

mkdir glibc-build-2.15   

../glibc-2.15/configure  --prefix=/your/path/  --disable-profile --enable-add-ons --with-headers=/usr/include --with-binutils=/usr/bin  

make   ## make的时间比较久，大概半小时

make install  ##

cd glibc-build-2.15  

安装GLIBC后再运行