NCBI|16S原始数据上传
小编这两天为大家演示了宏基因组数据上传的操作,今天为大家演示16S数据上传的操作,供大家参考,而宏基因组和16S数据上传大同小异,最大的不同就是表格的填写,大家要仔细观察哦~
第一步申请Biosample编号
1.首先我们需要进入NCBI网页https://www.ncbi.nlm.nih.gov/,进行注册或登录,操作如下:
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如果你有NCBI账号可以直接登录
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如果你没有NCBI账号,就可以进行注册操作
image你可以选择以下注册平台进行注册
image2.注册完成后,就可以进入NCBI页面啦~
image3.点击上传模块,开始申请编号操作啦!
点击我的提交
进入Biosample
image点击新的提交
4.接下来填写提交者的基本信息(注意不要出现中文哦!)
image5.点击继续按钮,选择释放日期和样本数量
image6.选择样品的类型,小编这里以环境样品为例选择
7.填写表格数据,小编以下载Excel表格为例进行操作:
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这里要注意,绿色为必填项,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。蓝色为选填项,但至少填写一个,如果任何必填字段的信息不可用,请酌情输入“not collected”、“not applicable”或“missing”。黄色为非填项,可以不予填写。
8.当表格填写完成后,就可以把表格进行上传啦~
image如果你在上传表格后出现以下错误,就说明你的样本编号错了,解决方法一可以把样品编号加上大写的字母
解决方法二在表格最后一列添加如下问题:
image9.问题解决完成后点击继续,检查一下信息是否正确,就可以进行提交,我们的第一步也算完成啦~
image第二步申请BioProject编号
1.回到最初的提交页面
2.进入BioProject,开始我们的第二步,申请BioProject编号
点击新的提交
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填写提交者基本信息,与之前填写的信息要一致(注意不能出现中文哦!)
3.选择项目类型,一般是选择原始序列读取
选择样本的示例范围
4.填写样本的目标
5.填写释放日期和样本的公开说明
6.填写BioSample编号
image进入Biosample
image点击申请编号对象
复制第一个编号
回到页面,粘贴复制的编号
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7.编号填写完成后,点击继续到最后,检查信息是否填写正确后就可以提交啦!这样我们的第二步也完成啦~
第三步申请SRA编号并上传原始数据
1.回到最初的提交页面
2.进入SRA,开始申请SRA编号
点击新的提交
填写提交者信息与之前填写信息一致(注意不能出现中文哦!)
填写BioProject编号,回到提交页面
进入BioProject查看编号
复制编号后回到提交页面
image进入SRA未完成的位置
image将编号填写进去并选择释放日期,需与之前填写的释放日期一致
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3.编号填写和释放日期选择完成后,点击继续,进行填写表格操作,小编依旧以下载的Excel表格为例进行操作。
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打开下载后的表格进行填写
第一列填写BioSample编号
image回到NCBI网页,返回至提交页面
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进入Biosample查看编号
将查看的编号填写进表格第一列就行了
表格第二列可自行填写
表格第三列填写测序类型+某物种
表格第四列填写测序技术
表格第五列填写组学
表格第六列填写选择
表格第七列填写样品数量
表格第八列填写测序平台,这里小编以illumina平台为例
表格第九列填写
表格第十列填写样本说明,例如:16S测序类型和沉积物填写如下:
表格第十一列填写原始数据文件类型
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表格第十二和十三列填写原始数据的文件名称
到这里表格就填写完成了,保存表格并上传
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4.将原始数据上传到NCBI上
5.将原始数据上传完成后就可以点击提交
提交完成后可以回到提交页面查看提交状态哦~
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