MEGA 构建进化树 | 生信分析常用GUI软件介绍与安装

“MEGA是一款免费的生物信息学软件，可以用于分子进化的各个方面，包括序列比对、构建进化树、分子时钟分析、种群遗传学、序列分类等。除了一般的序列文件，MEGA还可以用于处理分子标记数据、SNP数据、基因组数据等。MEGA的界面友好，使用起来方便，同时还提供了广泛的教学资源和帮助文档。因此，MEGA被广泛应用于生物学、生物信息学、医学等领域的研究和教学。” -- chatGPT
不过，总的来说，我们大多数人使用 MEGA 还是用于：

1. 多序列比对
2. 构建进化树：NJ 树 和 ML 树
3. 进化树美化

MEGA 的安装

对于 MEGA 下载，请自行了解。此处，直接使用教程准备好的安装包。有需要的朋友可以到对应共享仓库下载。

进入mega文件夹

选择合适的安装器文件，双击执行即可


剩余步骤一路点 next。

如此即可安装完成

MEGA 构建进化树

准备一个蛋白序列文件，比如拟南芥ARF家族的蛋白序列

进入界面

打开蛋白序列文件

会弹出对话框

进入序列比对对话框

点击Alignment选择 Align by Muscle

其他一般保持默认就可以了

随后等待执行结束，即可发现序列都对齐了

得到比对好的结果，则可以进行进化树构建

点击 Data 菜单，选择 Phylogenetic Analysis 让 Mega 自动转换好文件格式，随后关闭窗口即可。此时会回到 MEGA 主窗口

选择 Analyses ，选择 Phylogeny 中的某一项，即可开始建树

构建 NJ 树

选择构建 NJ 树（作为示例），一般 NJ 树按照默认参数就可以了

随后点击 OK 就可以了。

一般等待即可，速度取决于线程数以及电脑CPU。运行结束，会自动显示进化树。

比如对不同的分支做标记

点击OK可以看到结果

也可以调整其他，比如调整Layout

具体参数较多，可以自行调试。

构建ML树

相比于距离法建树（如NJ），构建最大似然树，对模型要求会高一些。一般我们会先基于数据，测验一个最优模型
回到前面开始建树的界面

选择寻找最合适模型，其他一般默认就行，其实参数和NJ树构建类似

可以看到，正在测试不同氨基酸替换模型

我的笔记本大概跑了30min

速度...还行吧，其实真挺慢。运行结束，会自动弹出窗口

一般选择第一个模型就行，记住这个模型 JTT+G
随后可以开始构建ML树

选择模型以及需要的补充参数

点击 Start 即可开始建树。注意，ML树构建比 NJ 树慢得多，可能需要跑一整天。
建树完毕，与 NJ 树构建后操作类似。

导出进化树文本

操作简单，菜单左上角。另外保存图片等，自行摸索即可

写在最后

Emmm，备课期间，顺手记录一下，或许也方便其他人。至于共享软件仓库，请参考

https://tbtools.cowtransfer.com/s/97e50e9f762d44