生信知识点

双端组装时reads1 file与reads2 file不完全m

2021-03-19  本文已影响0人  胡童远

在用metaspade组装双端fastq,或用megahit组装双端fasta时,因双端不齐会报告相应的error。

这里保存biostars的经验方案:https://www.biostars.org/p/142407/

1 使用mothur list.seqs remove.seqs功能
2 使用BBMap repair.sh功能

解决思路:
1 使用软件删除非双端的序列
2 删除质量值与碱基数长度不匹配的序列
3 合并文件,采用单端组装方法

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