TCGA培训QA小结

()与[]的区别

在通常情况下，()的使用常常伴随函数的调用。比如均值mean()，求和sum()等。为什么需要()的存在？因为R需要判断输入的边界。在mean(1,2,3) + 2这个例子中，是求1,2,3的均值，然后用这个均值加上2。也就是说进行求均值操作的是1,2,3，后面的2并没有包括在内。[]这个符号培训时已经讲和见的蛮多，主要用来取子集，即提取原数据的部分值。对于一维向量，例如

> a = 10:20
> a
 [1] 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
> a[1:3] # 提取第1到第3个元素
[1] 10 11 12
> a[c(1,3)] # 提取第1个和第3个元素
[1] 10 12

我们可以通过整数值索引提取a的部分元素。

几个学员在中文windows系统中画图时发现报错：cannot open compressed file的情况，可以看到文件路径中有中文显示????，下面给出一个一位学员提供的答案：

apply()函数第2个参数1和2是什么意思

function (X, MARGIN, FUN, ...) 

可以看到第2个参数的名字叫MARGIN，函数的详情请在R控制台中输入?apply后弹出的窗口中仔细阅读。

简单来说，MARGIN=1是让函数对输入的数据逐行计算，MARGIN=2是逐列计算。下面用一个例子演示：

> a = matrix(1:9, nrow = 3)
> a
     [,1] [,2] [,3]
[1,]    1    4    7
[2,]    2    5    8
[3,]    3    6    9
> apply(a, 1, sum) # 指定使用sum求和函数逐行计算
[1] 12 15 18
> apply(a, 2, sum) # 指定使用sum求和函数逐列计算
[1]  6 15 24

运行画图函数不能看到图

这种情况一般是没有正常关闭画图设备导致的。在R里面画图通常有两种方式，一是直接运行画图函数，R会生成一个临时的图像，我们可以根据需要调整大小然后手动保存。另一种是先打开画图设备，我们常见的.png,.jpeg,.pdf等格式图片都可以通过相应的R函数png(),jpeg()和pdf()打开画图设备，然后直接在设备上绘图，绘图后需要关闭设备。如果没有正常关闭，就会遇到Rstudio看不到出图的情况。

我们可以使用dev.off()函数进行关闭，一次不行可以多次。

芯片差异表达分析处理流程

这里请点击阅读基因芯片基因差异表达分析流程示例与讨论，提供了一个简单的示例，相应的注释和一些有用的参考。

<-与=的区别

<-是R里面特有的赋值操作符，它常等价于其他编程语言中使用的=号，通常两者在R里面通用。这也是为什么讲师代码里面有用<-或=进行赋值的情况。<-使用的好处是它可以直观看到数据的流向，从右侧流向左侧，而=看不到这种，而且=常被误解为相等的意思。实际上==才是对相等的判断！因此新手常把=与==混淆使用导致报错。