按位点提取vcf文件并获取注释的基因

这算是笔记。。。。

• 前提是总vcf文件已经用snpeff注释过了

vcftools --gzvcf ../chicken.477.chr1Z.indel.zk.tc.zk.zs.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --recode-INFO-all --out sig.indel.vcf

vcftools --gzvcf ../chicken.477.chr1Z.indel.zk.tc.zk.zs.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --recode-INFO-all --stdout |grep -v "#" |cut -f8 |tr "|" "\t" |cut -f5|tr "-" "\n"|sort|uniq >ensebmlID