R语言简介和基本操作
课程简介
- 大数据背景介绍；
- R语言和Python语言在数据分析中的地位；
- 以R语言为蓝本讲解数据分析的基本步骤和技巧；
为何选择R
R语言作为统计学一门语言，一直在小众领域闪耀着光芒。直到大数据的爆发，R语言变成了一门炙手可热的数据分析的利器。随着越来越多的工程背景的人的加入，R语言的社区在迅速扩大成长。现在已不仅仅是统计领域，教育，银行，电商，互联网….都在使用R语言。
与起源于贝尔实验室的S语言类似，R也是一种为统计计算和绘图而生的语言和环境，它是一套开源的数据分析解决方案，由一个庞大且活跃的全球性研究型社区维护。但是，市面上也有许多其他流行的统计和制图软件，如Microsoft Excel、SAS、IBM SPSS、Stata以及Minitab。为何偏偏要选择R？
R有着非常多值得推荐的特性。
- 多数商业统计软件价格不菲，投入成千上万美元都是可能的。而R是免费的！如果你是一位教师或一名学生，好处显而易见。
- R是一个全面的统计研究平台，提供了各式各样的数据分析技术。几乎任何类型的数据分析工作皆可在R中完成。
- R囊括了在其他软件中尚不可用的、先进的统计计算例程。事实上，新方法的更新速度是以周来计算的。
- R拥有顶尖水准的制图功能。如果希望复杂数据可视化，那么R拥有最全面且最强大的一系列可用功能。
- R是一个可进行交互式数据分析和探索的强大平台。
- 从多个数据源获取并将数据转化为可用的形式，可能是一个富有挑战性的议题。R可以轻松地从各种类型的数据源导入数据，包括文本文件、数据库管理系统、统计软件，乃至专门的数据仓库。它同样可以将数据输出并写入到这些系统中。R也可以直接从网页、社交媒体网站和各种类型的在线数据服务中获取数据。
- R是一个无与伦比的平台，在其上可使用一种简单而直接的方式编写新的统计方法。它易于扩展，并为快速编程实现新方法提供了一套十分自然的语言。
- R的功能可以被整合进其他语言编写的应用程序，包括C++、Java、Python、PHP、Pentaho、SAS和SPSS。这让你在继续使用自己熟悉语言的同时在应用程序中加入R的功能。
- R可运行于多种平台之上，包括Windows、UNIX和Mac OS X。这基本上意味着它可以运行于你所能拥有的任何计算机上。
- 如果你不想学习一门新的语言，有各式各样的GUI（Graphical User Interface，图形用户界面）工具通过菜单和对话框提供了与R语言同等的功能。
R可以做什么
R应用最热门的领域：
- 统计分析：包括统计分布，假设检验，统计建模
- 金融分析：量化策略，投资组合，风险控制，时间序列，波动率
- 数据挖掘：数据挖掘算法，数据建模，机器学习
- 互联网：推荐系统，消费预测，社交网络
- 生物信息学：DNA分析，物种分析
- 生物制药：生存分析，制药过程管理
- 全球地理科学：天气，气候，遥感数据
- 数据可视化：静态图，可交互的动态图，社交图，地图，热图，与各种Javascript库的集成。
R语言的知识体系
![Uploading unnamed-chunk-1-1_690359.png . . .]
R语言知识体系结构分为3个部分：IT技术 + 业务知识 + 基础学科。
- IT技术：是计算时代必备的技术之一，R语言就是一种我们应该要掌握技术。
- 业务知识：是市场经验和法则，不管你在什么公司，都会有自己的产品、销售、市场等，你要了解你的公司产品有什么，客户是谁，怎么才能把产品卖给你的客户。
- 基础学科：是我们这十几年在学校学的理论知识，当初学的时候并不知道是为了什么，毕业后如果你还能掌握一些知识并实际运用，那么这将是你最有价值的竞争力。
每个部分知识单独看都有其局限性，但如果能把知识两两结合起来，就构成了我们现在社会的各种技术创新点。
- IT技术+业务知识：创造了阿里巴巴的电子商务帝国，腾讯全生态链的社交网络。
- IT技术+基础学科：创造了Google搜索的神话，华尔街金融不败的帝国。
R语言中文社区
- 统计之都，中国大陆最权威的R语言组织，不仅积累了大量高质量的R语言文章，并主办了七届中国R语言会议。统计之都团队成员，还参与翻译了《R语言编程艺术》、《R语言实战》、《ggplot2:数据分析与图形艺术》、《R语言核心技术手册(第2版)》、《R数据可视化手册》、《R语言统计入门(第2版)》等多本图书。
- 炼数成金论坛，以数据分析为主题，设有R语言板块，提供在线的R语言入门培训。
- 人大经济论坛，以经管教育为主题，设有R语言板块，以线下培训为主。
开发环境安装
- 安装R；
- 安装RStudio（方便地进行编程，丰富的提示功能，RNoteBook的强大）；
- 设置CRAN的镜像为国内网站（安装包的时候网速快）；
- 创建一个RNotebook文件，按提示安装相应的包；
- 安装常用的包：swirl、ggplot2、xlsx、dplyr、stringr等。
R的使用
- 赋值：<-；例如：x <- 5
- 注释：#；例如：#这是一行注释
- 一个非常好的在线学习环境：swirl包
新手上路
让我们通过一个简单的虚构示例来直观地感受一下这个界面。假设我们正在研究生理发育问题，并收集了10名婴儿在出生后一年内的月龄和体重数据。我们感兴趣的是体重的分布及体重和月龄的关系。
10名婴儿的月龄和体重
| 年龄（月） | 体重（kg） | 年龄（月） | 体重（kg） |
|---|---|---|---|
| 01 | 4.4 | 09 | 7.3 |
| 03 | 5.3 | 03 | 6.0 |
| 05 | 7.2 | 09 | 10.4 |
| 02 | 5.2 | 12 | 10.2 |
| 11 | 8.5 | 03 | 6.1 |
可以使用函数 c() 以向量的形式输入月龄和体重数据，此函数可将其参数组合成一个向量或列表。然后用 mean() 、 sd() 和 cor() 函数分别获得体重的均值和标准差，以及月龄和体重的相关度。最后使用 plot() 函数，从而用图形展示月龄和体重的关系，这样就可以用可视化的方式检查其中可能存在的趋势。函数 q() 将结束会话并允许你退出R。
#第一个实例：婴儿体重和月龄的关系
age <- c(1,3,5,2,11,9,3,9,12,3)
weight <- c(4.4,5.3,7.2,5.2,8.5,7.3,6.0,10.4,10.2,6.1)
mean(weight)
## [1] 7.06
sd(weight)
## [1] 2.077498
cor(age,weight)
## [1] 0.9075655
plot(age,weight)
unnamed-chunk-1-1.png
# q()
从代码清单和结果中可以看到，这10名婴儿的平均体重是7.06kg，标准差为2.08kg，月龄和体重之间存在较强的线性关系（相关度=0.91）。这种关系也可以从图散点图中看到。不出意料，随着月龄的增长，婴儿的体重也趋于增加。
若想大致了解R能够作出何种图形，在命令行中运行 demo() 即可。其他的演示还有 demo(Hershey) 、 demo(persp) 和 demo(image)。要看到完整的演示列表，不加参数直接运行 demo() 即可。
#这里以三维图形为例
demo(persp)
##
##
## demo(persp)
## ---- ~~~~~
##
## > ### Demos for persp() plots -- things not in example(persp)
## > ### -------------------------
## >
## > require(datasets)
##
## > require(grDevices); require(graphics)
##
## > ## (1) The Obligatory Mathematical surface.
## > ## Rotated sinc function.
## >
## > x <- seq(-10, 10, length.out = 50)
##
## > y <- x
##
## > rotsinc <- function(x,y)
## + {
## + sinc <- function(x) { y <- sin(x)/x ; y[is.na(y)] <- 1; y }
## + 10 * sinc( sqrt(x^2+y^2) )
## + }
##
## > sinc.exp <- expression(z == Sinc(sqrt(x^2 + y^2)))
##
## > z <- outer(x, y, rotsinc)
##
## > oldpar <- par(bg = "white")
##
## > persp(x, y, z, theta = 30, phi = 30, expand = 0.5, col = "lightblue")
unnamed-chunk-2-1.png
##
## > title(sub=".")## work around persp+plotmath bug
##
## > title(main = sinc.exp)
##
## > persp(x, y, z, theta = 30, phi = 30, expand = 0.5, col = "lightblue",
## + ltheta = 120, shade = 0.75, ticktype = "detailed",
## + xlab = "X", ylab = "Y", zlab = "Z")
unnamed-chunk-2-2.png
##
## > title(sub=".")## work around persp+plotmath bug
##
## > title(main = sinc.exp)
##
## > ## (2) Visualizing a simple DEM model
## >
## > z <- 2 * volcano # Exaggerate the relief
##
## > x <- 10 * (1:nrow(z)) # 10 meter spacing (S to N)
##
## > y <- 10 * (1:ncol(z)) # 10 meter spacing (E to W)
##
## > persp(x, y, z, theta = 120, phi = 15, scale = FALSE, axes = FALSE)
unnamed-chunk-2-3.png
##
## > ## (3) Now something more complex
## > ## We border the surface, to make it more "slice like"
## > ## and color the top and sides of the surface differently.
## >
## > z0 <- min(z) - 20
##
## > z <- rbind(z0, cbind(z0, z, z0), z0)
##
## > x <- c(min(x) - 1e-10, x, max(x) + 1e-10)
##
## > y <- c(min(y) - 1e-10, y, max(y) + 1e-10)
##
## > fill <- matrix("green3", nrow = nrow(z)-1, ncol = ncol(z)-1)
##
## > fill[ , i2 <- c(1,ncol(fill))] <- "gray"
##
## > fill[i1 <- c(1,nrow(fill)) , ] <- "gray"
##
## > par(bg = "lightblue")
##
## > persp(x, y, z, theta = 120, phi = 15, col = fill, scale = FALSE, axes = FALSE)
unnamed-chunk-2-4.png
##
## > title(main = "Maunga Whau\nOne of 50 Volcanoes in the Auckland Region.",
## + font.main = 4)
##
## > par(bg = "slategray")
##
## > persp(x, y, z, theta = 135, phi = 30, col = fill, scale = FALSE,
## + ltheta = -120, lphi = 15, shade = 0.65, axes = FALSE)
unnamed-chunk-2-5.png
##
## > ## Don't draw the grid lines : border = NA
## > persp(x, y, z, theta = 135, phi = 30, col = "green3", scale = FALSE,
## + ltheta = -120, shade = 0.75, border = NA, box = FALSE)
unnamed-chunk-2-6.png
##
## > ## `color gradient in the soil' :
## > fcol <- fill ; fcol[] <- terrain.colors(nrow(fcol))
##
## > persp(x, y, z, theta = 135, phi = 30, col = fcol, scale = FALSE,
## + ltheta = -120, shade = 0.3, border = NA, box = FALSE)
unnamed-chunk-2-7.png
##
## > ## `image like' colors on top :
## > fcol <- fill
##
## > zi <- volcano[ -1,-1] + volcano[ -1,-61] +
## + volcano[-87,-1] + volcano[-87,-61] ## / 4
##
## > fcol[-i1,-i2] <-
## + terrain.colors(20)[cut(zi,
## + stats::quantile(zi, seq(0,1, length.out = 21)),
## + include.lowest = TRUE)]
##
## > persp(x, y, 2*z, theta = 110, phi = 40, col = fcol, scale = FALSE,
## + ltheta = -120, shade = 0.4, border = NA, box = FALSE)
unnamed-chunk-2-8.png
##
## > ## reset par():
## > par(oldpar)
获取帮助
R中的帮助函数:
| 函数 | 功能 |
|---|---|
| help.start() | 打开帮助文档首页 |
| help("foo") 或 ?foo | 查看函数 foo 的帮助（引号可以省略） |
| help.search("foo") 或 ??foo | 以 foo 为关键词搜索本地帮助文档 |
| example("foo") | 函数 foo 的使用示例（引号可以省略） |
| RSiteSearch("foo") | 以 foo 为关键词搜索在线文档和邮件列表存档 |
| apropos("foo", mode="function") | 列出名称中含有 foo 的所有可用函数 |
| data() | 列出当前已加载包中所含的所有可用示例数据集 |
| vignette() | 列出当前已安装包中所有可用的 vignette 文档 |
| vignette("foo") | 为主题 foo 显示指定的 vignette 文档 |
函数 help.start() 会打开一个浏览器窗口，我们可在其中查看入门和高级的帮助手册、常见问题集，以及参考材料。
#R语言的帮助
#? seq
#help("seq") #同上
#help.search("mean") #可以使用类似于百度搜索的关键字
example("seq")
##
## seq> seq(0, 1, length.out = 11)
## [1] 0.0 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.7 0.8 0.9 1.0
##
## seq> seq(stats::rnorm(20)) # effectively 'along'
## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
##
## seq> seq(1, 9, by = 2) # matches 'end'
## [1] 1 3 5 7 9
##
## seq> seq(1, 9, by = pi) # stays below 'end'
## [1] 1.000000 4.141593 7.283185
##
## seq> seq(1, 6, by = 3)
## [1] 1 4
##
## seq> seq(1.575, 5.125, by = 0.05)
## [1] 1.575 1.625 1.675 1.725 1.775 1.825 1.875 1.925 1.975 2.025 2.075
## [12] 2.125 2.175 2.225 2.275 2.325 2.375 2.425 2.475 2.525 2.575 2.625
## [23] 2.675 2.725 2.775 2.825 2.875 2.925 2.975 3.025 3.075 3.125 3.175
## [34] 3.225 3.275 3.325 3.375 3.425 3.475 3.525 3.575 3.625 3.675 3.725
## [45] 3.775 3.825 3.875 3.925 3.975 4.025 4.075 4.125 4.175 4.225 4.275
## [56] 4.325 4.375 4.425 4.475 4.525 4.575 4.625 4.675 4.725 4.775 4.825
## [67] 4.875 4.925 4.975 5.025 5.075 5.125
##
## seq> seq(17) # same as 1:17, or even better seq_len(17)
## [1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17
工作空间
工作空间（workspace）就是当前R的工作环境，它存储着所有用户定义的对象（向量、矩阵、函数、数据框、列表）。在一个R会话结束时，你可以将当前工作空间保存到一个镜像中，并在下次启动R时自动载入它。各种命令可在R命令行中交互式地输入。使用上下方向键查看已输入命令的历史记录。这样我们就可以选择一个之前输入过的命令并适当修改，最后按回车重新执行它。
当前的工作目录（working directory）是R用来读取文件和保存结果的默认目录。我们可以使用函数 getwd() 来查看当前的工作目录，或使用函数 setwd() 设定当前的工作目录。如果需要读
入一个不在当前工作目录下的文件，则需在调用语句中写明完整的路径。记得使用引号闭合这些目录名和文件名。
getwd() # 获取当前工作目录
## [1] "D:/Github/DataAnalysis"
#setwd("F:/code/R") # 改变当前工作目录
x <- runif(20)
summary(x)
## Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
## 0.01001 0.20530 0.45150 0.42210 0.59360 0.91270
hist(x)
unnamed-chunk-4-1.png
#savehistory()
save.image()
查看当前工作空间中有哪些变量：
ls()
## [1] "age" "fcol" "fill" "i1" "i2" "oldpar"
## [7] "rotsinc" "sinc.exp" "weight" "x" "y" "z"
## [13] "z0" "zi"
输入和输出
- 输入： source("sample.R")
- 输出
- 文本输出：sink("filename") #输出重定向
- 图形输出：jpeg("filename")、bmp("filename")、pdf("filename")
包
- 什么是包
- 包的安装：install.packages("包的名字")
- 包的载入：library(包的名字)
- 包的使用： help(package="包的名字")
看看目前工作空间中加载了哪些包：
search()
## [1] ".GlobalEnv" "package:stats" "package:graphics"
## [4] "package:grDevices" "package:utils" "package:datasets"
## [7] "package:methods" "Autoloads" "package:base"
示例实践
我们将以一个结合了以上各种命令的示例结束本章。以下是任务描述。
(1) 打开帮助文档首页，并查阅其中的“Introduction to R”。
(2) 安装 vcd 包（一个用于可视化类别数据的包，你将在第11章中使用）。
(3) 列出此包中可用的函数和数据集。
(4) 载入这个包并阅读数据集 Arthritis 的描述。
(5) 显示数据集 Arthritis 的内容（直接输入一个对象的名称将列出它的内容）。
(6) 运行数据集 Arthritis自带的示例。如果不理解输出结果，也不要担心。它基本上显示了接受治疗的关节炎患者较接受安慰剂的患者在病情上有了更多改善。
(7) 退出。
#help.start()
#install.packages("vcd")
help(package="vcd")
library(vcd)
## Warning: package 'vcd' was built under R version 3.3.2
## Loading required package: grid
help(Arthritis)
## starting httpd help server ...
## done
knitr::kable(Arthritis)
ID Treatment Sex Age Improved
57 Treated Male 27 Some
46 Treated Male 29 None
77 Treated Male 30 None
17 Treated Male 32 Marked
36 Treated Male 46 Marked
23 Treated Male 58 Marked
75 Treated Male 59 None
39 Treated Male 59 Marked
33 Treated Male 63 None
55 Treated Male 63 None
30 Treated Male 64 None
5 Treated Male 64 Some
63 Treated Male 69 None
83 Treated Male 70 Marked
66 Treated Female 23 None
40 Treated Female 32 None
6 Treated Female 37 Some
7 Treated Female 41 None
72 Treated Female 41 Marked
37 Treated Female 48 None
82 Treated Female 48 Marked
53 Treated Female 55 Marked
79 Treated Female 55 Marked
26 Treated Female 56 Marked
28 Treated Female 57 Marked
60 Treated Female 57 Marked
22 Treated Female 57 Marked
27 Treated Female 58 None
2 Treated Female 59 Marked
59 Treated Female 59 Marked
62 Treated Female 60 Marked
84 Treated Female 61 Marked
64 Treated Female 62 Some
34 Treated Female 62 Marked
58 Treated Female 66 Marked
13 Treated Female 67 Marked
61 Treated Female 68 Some
65 Treated Female 68 Marked
11 Treated Female 69 None
56 Treated Female 69 Some
43 Treated Female 70 Some
9 Placebo Male 37 None
14 Placebo Male 44 None
73 Placebo Male 50 None
74 Placebo Male 51 None
25 Placebo Male 52 None
18 Placebo Male 53 None
21 Placebo Male 59 None
52 Placebo Male 59 None
45 Placebo Male 62 None
41 Placebo Male 62 None
8 Placebo Male 63 Marked
80 Placebo Female 23 None
12 Placebo Female 30 None
29 Placebo Female 30 None
50 Placebo Female 31 Some
38 Placebo Female 32 None
35 Placebo Female 33 Marked
51 Placebo Female 37 None
54 Placebo Female 44 None
76 Placebo Female 45 None
16 Placebo Female 46 None
69 Placebo Female 48 None
31 Placebo Female 49 None
20 Placebo Female 51 None
68 Placebo Female 53 None
81 Placebo Female 54 None
4 Placebo Female 54 None
78 Placebo Female 54 Marked
70 Placebo Female 55 Marked
49 Placebo Female 57 None
10 Placebo Female 57 Some
47 Placebo Female 58 Some
44 Placebo Female 59 Some
24 Placebo Female 59 Marked
48 Placebo Female 61 None
19 Placebo Female 63 Some
3 Placebo Female 64 None
67 Placebo Female 65 Marked
32 Placebo Female 66 None
42 Placebo Female 66 None
15 Placebo Female 66 Some
71 Placebo Female 68 Some
1 Placebo Female 74 Marked
example(Arthritis)
##
## Arthrt> data("Arthritis")
##
## Arthrt> art <- xtabs(~ Treatment + Improved, data = Arthritis, subset = Sex == "Female")
##
## Arthrt> art
## Improved
## Treatment None Some Marked
## Placebo 19 7 6
## Treated 6 5 16
##
## Arthrt> mosaic(art, gp = shading_Friendly)
unnamed-chunk-7-1.png
##
## Arthrt> mosaic(art, gp = shading_max)
unnamed-chunk-7-2.png
# q()
