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安装ggplot2和readxl（读取excel）

install.packages("ggplot2")
install.packages("readxl")

加载包

library(ggplot2)
library(readxl)

数据列表抬头如下

图片.png
我们使用AT-skew为X轴, GC-skew为y轴, 根据order做颜色分组,根据phylum做形状分组。

读取数据以及绘制散点图

data = read_excel("Acan_compsion.xlsx",sheet = 1) 
p1<-ggplot(data, aes(x=`AT-skew`, y=`GC-skew`, colour=order,shape=phylum  )) + geom_point(size=5)
#图形超过六个可以选择手动设置图形
+scale_shape_manual(values=1:11)
#
p1

图片.png