wtdbg2 三代基因组组装
2021-01-15 本文已影响0人
candel
wtdbg2软件下载与安装
git clone https://github.com/ruanjue/wtdbg2
cd wtdbg2
make
进行基因组装
第一步是组装
第二步是得到一致性序列
#! /bin/sh
～/usr/wtdbg2-master/wtdbg2 -t 16 -x sq -g 370m -i ../data/pb.fasta.gz -fo prefix
～/usr/wtdbg2-master/wtpoa-cns -t 16 -i prefix.ctg.lay.gz -fo prefix.ctg.fa
-t 核数 16, -x 测序平台 PacBio Sequel, -g 基因组预估大小 370 Mb
参考：
https://github.com/ruanjue/wtdbg2
http://www.chenlianfu.com/?p=2647
