利用bandage手动组装叶绿体基因组

【大致阐述一下操作思路，还没实际应用过】

所需软件：bandage

所需文件：①fastg文件；②csv文件

（这两个文件都是跑组装程序pbs生成的）

师姐电脑自带的，但是也不用安装，点开即使用 打开之后的界面 需要的两个文件

操作步骤：

1.打开bandage后，File→Load graph→选择fastg文件

File→Load CSV→选择csv文件

点击draw graph：

就能出现结构图像

2.选择其中的一段（点击即可），ctrl C，然后到Geneious中ctrl V。

选中了下面那段序列 将这段选中的基因序列到Geneious中进行注释，即Clipboard Contents 4

将bandage中所有片段都这样复制到Geneious中进行注释，下面以两个基因序列的片段为例：

与上述片段相邻的这个也复制到Geneious中 复制过来了，即Clipboard Contents 5

在Clipboard Contents 4上右键，选择Map to Reference。

点击choose，选择刚刚的Clipboard Contents 5，点击OK 点到Contig那一项里面去

3.看那两条序列，可以发现有重叠的部分。任选其一，将重叠的部分删去，只保留一段。

放大后 任选一段，删去重叠的部分，这里选的是下面那段。灰色的不选，只选有碱基的部分。 删完后

就按上述的步骤，将所有的序列连接起来，将重叠的部分删去其一，即可。