STEM基因表达趋势分析

使用stem进行趋势分析

安装STEM：

step1. 从STEM官网安装，需同时安装JAVA：

http://www.cs.cmu.edu/~jernst/stem/

step2.    安装后点击文件夹下的stem.cmd即可使用。

step3.    打开界面如下：

其他参数我没有修改，第一步，导入表达量数据，可以选repeat

Data,也可以先对数据处理后直接导入，处理方式是组内取中位数；第二布选择归一化方式，原始数据选择第一个归一化方式；取过对数的数据选择第二个；标准化后缺失0时间点则选择第三个，我使用的表达量是TPM，因此选择了第二个标准化方式；第三步运行。（也可以导入功能注释文件）

表达文件如下：

以制表符分隔。

step4.    运行结果如下：

图中即为不同表达趋势的聚类，可以点击Order Profiles By…自定义趋势排序(按照基因数目等):

点击感兴趣的趋势，可以查看并导出该趋势内具体基因表达趋势：

step5.   在运行之前可以导入注释文件，导入后可查看趋势内基因的功能注释。本次分析没有提前导入，拿到目标趋势基因集后手动提取GO注释，结果如下：

前几列为STEM导出的基因id和表达，后6列为该基因功能注释。

附上合并GO和表达的python代码，但想了想用R可能能够更简单的实现这一功能，参考https://www.jianshu.com/p/5bc81ac5f807：

STEM使用参考：https://www.jianshu.com/p/695588e39cfa