Volcanic plot

Repeated from: R语言绘图-火山图 - 知乎

https://zhuanlan.zhihu.com/p/140535783

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针对RNAseq的数据绘制火山图

我们先看看数据

那么如何绘制图片呢？

openxlsx包能读取xlsx里的数据

library(openxlsx)

data<-read.xlsx("xxxx.xlsx")

data<-subset(data,log2FoldChange!="NA")#删除log2FoldChange中的空值

data<-subset(data,padj!="NA")#删除pvalue中的空值#对log2foldchange进行上调下调的判断

threshold<-as.factor(ifelse(data$padj<0.05&abs(data$log2FoldChange)>=1,

                                            ifelse(data$log2FoldChange>=1,'Up','Down'),'Not'))

ggplot(data,aes(x=log2FoldChange,y=-log10(padj),colour=threshold))+

xlab("log2(Fold Change)")+ylab("-log10(qvalue)")+

geom_point(size=2,alpha=1)+ylim(0,20)+xlim(-5,5)+

scale_color_manual(values=c("blue","grey","red"))+

geom_vline(xintercept=c(-1,1),lty=2,colour="#000000")+         #增加虚线geom_hline(yintercept=c(1),lty=2,colour="#000000")+

         theme(

             axis.text=element_text(size=20),

              axis.title=element_text(size=20)

)

发布于 2020-05-13 16:29