测序中的Y型接头

2019-08-08 本文已影响0人鹿无为

一直说比对之前要去接头，那么我们去的接头是什么样子的呢？我一开始以为就是在待测序的reads加上一段碱基顺序已知的序列就可以了，后来发现情况和我想象的不大一样。怎么回事捏？就拿Illumina来说，它测序常使用的接头是Y型接头。那么什么是Y型接头呢？它又有什么优点呢？

Y型接头，故名思意，长的和字母Y一样。在接头的末端，碱基是不互补的。接头由两部分组成，其中的arm部分是非互补序列，而stem部分是互补序列可以加到测序的reads上。Y adapter的样子就像下面的图一样：

adapters

当我们将测序的reads加上接头，就变成了这个样子：

image.png

在这里小声说一句，其中的绿色部分是待测序的reads

emmmm，这样有了图片就让我这苍白无力的文字形象了很多……那么，知道了它是什么样子之后，我们下一步想知道的就是为什么要使用Y型adapter了。

当我们进行建库的时候，会在reads的两端加上不同的adapter。这里我们把两个adapters称为A和B。当我们加上接头之后，会出现三种不同的情况：

A--reads--B
A--reads--A
B--reads--B
显然，后两种情况是无法进行PCR扩增的。但是常规的adapter无法避免这种情况的存在，但是有了Y型adapter，就可以保证只出现第一种情况。