miRNA靶基因预测数据库
2020-05-11 本文已影响0人
猪莎爱学习
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1.Tarbase:实验证据支持的miRNA靶基因数据库
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这里还支持搜索多个miRNA
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然后点击Pred.Score就会跳转下方页面，就有结合的分数：
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同样也可以根据基因搜索：
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也可以看到有哪些实验的支持，有哪些细胞系，结合的分数都是可以看到的
这个数据库相对来说是比较可靠的，数据库永远没有一个完美的点，但是Tarbase有实验证据的支持，所以相比较其他数据库来说还是比较靠谱的，但是预测的数量较少，所以就要结合其他数据库的结果。
2.TargetScan (http://www.targetscan.org/)
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结果可以下载，有两种格式：txt和exls
这些网站也有很多文章去评测，每个miRNA靶基因预测网站预测出来的结果其实差别是很大的，所以一般是要采取至少2-3个预测网站的结果，才是认为是可靠的。
3.miRanda, mirSVR
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4.PITA
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html
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5.starbase :http://starbase.sysu.edu.cn/
Starbase是全中国生物信息学数据库影响力最高的，没有之一，这是中山大学开发的一个数据库。获得了很多miRNA研究者的关注，并且在不断的更新。现在有了新的名字叫：ENCORI.
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点击这里
哺乳动物类降解组数据基本都是0，如果研究的是植物就可能就不是0
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左侧也是可以进行修改的
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有一个非常重要的方法去获得多个数据库预测到的结果：
当你把Excel表格下载下来之后，可以通过公式（乘法法则）来筛选同时被几个数据库筛选的靶基因，最后得到的不为零的正整数就是比较可靠的结果
