Mapping文件是分析过程中频繁使用到的一个文件，你的分析过程的难易程度在一定程度上取决于你的Mapping文件。OTU table只提供了不同样本的OTU数目，而Mapping文件用来描述样本信息的，比如样本的分组情况。在分析过程中，除了SampleID以外，你可以对其不断进行修改。Qiime1和Qiime2对Mapping文件的格式要求有所不同，具体的请参见Qiime1和Qiime2的官网，今天我们介绍Qiime1要求的Mapping文件。

Mapping文件的格式

• #SampleID:每一个样本的唯一识别号，SampleID前面需要添加#
• BarcodeSequence：在建库时，每个样本被分配到的唯一的由12个核苷酸组成的Barcode序列
• LinkerPrimerSequnce：与Barcode序列相连的，测序时用到的通用引物。
• Description：每一个Mapping文件的最后一列，可以输入任何与样本相关的信息。

上述四列是一个最基本、最简单的Mapping文件所需要具备的。除此之外，我们可以添加其他与样本相关的信息，比如样本的类型、样本的性别、年龄等等，但是要注意的是最后一列一定是Description。下面来看一个Mapping文件的例子。

#SampleID	BarcodeSequence	LinkerPrimerSequence	SampleType	Description
L1S8	ATCGATCGATCG	CCGGACTAC	gut	1_Fece_10_28_2008
L1S140	ATCGATCGATCC	CCGGACTAC	gut	2_Fece_10_28_2008
L1S57	ATCGATCGATCA	CCGGACTAC	gut	1_Fece_1_20_2009
L1S208	ATCGATCGATCT	CCGGACTAC	gut	2_Fece_1_20_2009
L1S76	ATCGATCGATAT	CCGGACTAC	gut	1_Fece_2_17_2009

很多人拿到的测序结果已经是公司去除了BarcodeSequence和LinkerPrimerSequence的分好样的数据，这个时候只需要将BarcodeSequence和LinkerPrimerSequence的数据空着即可（在对Mapping检验时会发出警告，忽略即可）。同时，在后续也不需要分样的操作。

方法1：Qiime1检验Mapping文件

为了保证你的mapping文件没有错误，Qiime1提供了validate_mapping_file.py对mapping文件进行检查。具体如下：

# Check for errors in mapping file 
validate_mapping_file.py \
-m mapping_file.txt \
-o validate_map/

查看输出结果中的网页，对错误的地方进行修改再次验证直至生成正确的mapping文件。

方法2:Keemei工具

除了Qiime1提供的validate_mapping_file.py，我们还可以利用Google Sheets提供的Keemei工具。Keemei工具还可以检验Qiime2的mapping文件。
https://keemei.qiime2.org/

Keemei工具

校正完后将mapping文件保存到本地即可。