单细胞-细胞通讯分析

分析单细胞配体-受体-转录因子-靶基因通讯：

可以使用scMLnet 包，此R包由中山大学数学学院孙小强教授团队于2020年开发了一种 scRNA-seq 数据驱动的多层网络方法 (scMLnet)。scMLnet不仅可以模拟细胞间通信，还可以模拟细胞内基因调控网络。其基于细胞类型特异性基因表达、先验网络信息和统计推断，整合了细胞间通路（配体-受体相互作用）和细胞内子网络（受体-TF 通路和 TF-靶基因相互作用）。这意味着，scMLnet 可用于使用 scRNA-seq 数据预测细胞内基因表达的微环境调节因子，并了解细胞间通讯的功能作用。

参考说明：https://www.jianshu.com/p/9611bd2867be

scMLnet 包 使用单细胞测序数据推断细胞通讯中的“配体-受体-TF-mRNA”调控网络（单细胞多层网络）