Linux环境下的软件安装

软件安装之前查看阿里云服务器有没有bzip2（不知道这是啥玩意？）

bzip2 是一个基于Burrows-Wheeler 变换的无损压缩软件，压缩效果比传统的LZ77/LZ78压缩算法来得好。它是一款免费软件。可以自由分发免费使用。它广泛存在于UNIX && LINUX的许多发行版本中。bzip2能够进行高质量的数据压缩。它利用先进的压缩技术，能够把普通的数据文件压缩10%至15%，压缩的速度和解压的效率都非常高！支持大多数压缩格式，包括tar、gzip 等等。
-------百度百科

在putty中输入bzip2确实报错了，但忘记截图了。
来一张安装成功的截图吧。

bzip2已经有了

回去前面一步，安装bzip2，使用代码yum install -y bzip2，成功如下图。

安装bzip2

Linux中的应用商店

Conda

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。
Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和W indows，也可以打包和分发其他软件 。
目前最流行的 Python 环境管理工具 。
------------百度学术

conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言和任何类型的软件。举个例子：包管理与pip的使用类似，环境管理则允许用户方便地安装不同版本的python并可以快速切换。
Anaconda则是一个打包的集合，里面预装好了conda、某个版本的python、众多packages、科学计算工具等等，就是把很多常用的不常用的库都给你装好了。
Miniconda，顾名思义，它只包含最基本的内容——python与conda，以及相关的必须依赖项，对于空间要求严格的用户，Miniconda是一种选择。就只包含最基本的东西，其他的库得自己装。
--------------------- 来源：CSDN
原文：https://blog.csdn.net/qq_18668137/article/details/80807829

miniconda官网
按图中所示操作
下一步进入biosoft目录 使用代码cd biosoft，再下一步使用代码wget 刚才复制的下载链接,成功以后使用代码bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh,安装miniconda.
运行顺利
安装成功第一步
简单的enter到最后，再敲入yes，证明安装成功。
安装成功
安装成功后还不可以使用，还需要激活，使用代码source ~/.bashrc conda。
过程
敲入代码conda查看，成功。
成功
国内直接使用conda还有点困难，需要添加国外镜像，利用豆豆和花花给的代码，添加镜像。

conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes

使用Conda

查看Conda中的软件，使用代码conda list,

conda list

搜索软件,使用代码conda search fastqc,
又忘了截图了。。。

安装软件conda install fastqc -y

安装软件

卸载软件conda remove fastqc -y

卸载软件

到此，软件安装和卸载操作完毕。

选修

conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
--------------转自生信星球

查看conda环境，使用代码conda info --envs,

conda环境
处理转录组数据，要先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（花花写的），输入代码conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y。查看一下conda环境，代码conda info --envs,激活新的conda环境,代码source activate rna-seq,(没有截图）。
卸载一个环境中的软件，卸载某个软件conda remove -n rna-seq fastqc -y,全部卸载，也就是卸载这个环境conda remove -n rna-seq --al。
卸载软件 Day3