4.Perl、数据库

2019.10.15

勤奋，很好的研究，更好的生活。

Perl 变量、循环、替换

#！/usr/bin/perl -w

use strict;

1. 数组：很多数构成向量，用@表示，可循环运算

$、@变量

2. 文本文件：一行一行换一行，类似于用Notepad打开，word中的不是

3. sqs数组：ppt中第60页，每一行包括换行符，数组从0开始，0对应第一行

4. 序列就是字符串，字符串包括>      \n\n换行几次

5. \s 代表广泛的字符，包括空格、换行符、Tab键

     \t 相当于Tab键，一般是6个空格

数据库

1. 三大数据库

NCBI 美国国家生物信息中心

EBI 欧洲

DDBJ 日本的DNA数据银行

2. 蛋白质数据库 Pfam（同源蛋白质家族数据库）

3. SRA库 高通量测序

4. NP 拼接问题，测序测的短，拼接很难

5. scaffolds （序列）

6. 毛古杨的全基因组是Phytozome中的Assembly中。