2021-03-31 为VCF文件建立索引（.idx)

问题背景：

做GWAS分析，对方只提供了具有SNP和indel的vcf文件，需要提取SNP时，提取时去发现，需要对应的索引（.idx)

这种情况下可否不去要求对方提供.idx文件，生成一个新的进行分析？

通过网上查询发现通过bcftools和GATK都可以生成。

1.尝试bcftools（参考文献：https://www.cnblogs.com/xiaofeiIDO/p/8294998.html ；bcftools 为 vcf 文件建索引及合并 vcf 文件）

通过conda安装bcftools；然后尝试bcftools，发现无法用bcftools，原因是缺相（libcrypto.so.1.0.0，真他妈心碎，旧问题没解决出现新的问题！！！报错如图）

尝试寻找，解决方法（1.https://blog.csdn.net/u012000056/article/details/52671474 ；libssl1.0.0或者libcrypto.so.1.0.0库的问题解决方法 2. https://www.jianshu.com/p/e7d472375574 （没看明白放弃））

1.方法：需要安装libssl1.0.0；conda不给力、而且部分用户是因为ssh不行出现这个问题（https://blog.csdn.net/zhengxiuchen86/article/details/105611158），难道这个会影响shh，目测可能会造成更大问题，搞不好的话。所以放弃了！！！！

2.尝试GATK建立索引。

但是怎么用不知道，可以肯定的是借助IndexFeatureFile命令；有些网上说是用gatk IndexFeatureFile -F variant.vcf （https://www.jianshu.com/p/a3b3c6190d35），但是参数不识别报错；有些说用$java -jar $gatk IndexFeatureFile --feature-file $dbSNP_vcf （https://zhuanlan.zhihu.com/p/70763177），哈哈哈也不行，参数不识别；报错提示用input？？用input可以运行了。皆大欢喜！(最后命令为：gatk IndexFeatureFile -I XXX.vcf).

参数应用各个人都不一样或许是软件不断更新的缘故！！！但是就是总结的话，就是别乱找网上的问题，好好看看报错，解决不了，在满世界找！（好像也有一个人用对了命令，但是遇到了其他问题，https://www.omicsclass.com/question/2229，不能幸免这个问题，我也遇到了；都是坑啊）