一：搜索其他保守蛋白结构域

需要准备的文件有：NBS蛋白序列，TIR.hmm和RPW8.hmm

$hmmsearch --cut_tc --domtblout RPW8.out RPW8.hmm final_all_NBS-ARC_qua.fa
$hmmsearch --cut_tc --domtblout TAIR.out TIR.hmm final_all_NBS-ARC_qua.fa

二：拟南芥NPS基因家族含有哪些motif

识别motif的软件用meme。

$meme nbs_pep.fa -protein -oc nbs_motif -nostatus -maxsize 600000 -mod anr -nmotifs 10 -minw 6 -maxw 50

motif重要参数

运行结果会生成一个文件夹，里面包含：
1.motif的png图片；
2.eps文件是一个矢量图，可以导入到AI中查看；
3.还包含一个html的网页版信息；
4.hml文件可以导入到tbtools中获取motifs在基因上的位置信息图加以修改。

png

html

在html中可以下载类容到AI中编辑美化。

我们将xml文件导入到tbtools中，利用其图片转换功能。

序列太多了，所以图就这样了。