IQ-TREE 构建进化树

一款速度很快，适合大数据量的进化树构建软件。

点击进行下载对应安装包，适用于linux，Windows，ma cOS。

IQ-TREE有四大功能

• 高效建树
• 模型选择
• 超快自展
• 大型数据

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简单操练

输入数据比较灵活，可以是phylip, fasta, nexus, clustlw的比对序列均可

可以使用软件自带的例子（example.phy）进行演练

./bin/iqtree2 -s example.phy

可以选择最佳模型，很快就可以得到树文件example.phy.treefile， 该文件可以导入iTOl进行展示。

如果想在做一次之前的操作，需要加-redo ，防止结果被误覆盖

./bin/iqtree2 -s example.phy -refo

输出文件设置

## 输出文件前缀example，输出到文件夹test
mkdir test
./bin/iqtree2 -s example.phy -refo -pre test/example -nt 10 -bb 1000

# nt: 线程数
# bb: bootstrap; BS法快速评估分支支持度
# -bnni 模型冲突的情况下，快速BS会高估BS值，推荐加上

模型选择
IQ-TREE 使用Moderfinder进行模型的选择,其速度比jModelTest/ProtTest快100倍。

默认状态下，IQ-tree对针对输入文件（DNA/pep），对相应的全部模型进行检测。最终选择最佳模型进行建树。如果不想浪费建树时间，也可以进行最佳模型的选择。

• 最佳模型的选择

iqtree -s example.phy -m MF 
# 也可以增加参数-mtree，这样会检查所有可用模型（耗资源）
iqtree -s example.phy -m MF  -mtree

上述得到最佳模型后，则可以使用模型进行建树

# 比如得到TIM2+I+G
./bin/iqtree2 -s example.phy  -m TIM2+I+G

如果输入是SNP数据集，加上ASC

./bin/iqtree2 -s SNP_data.phy  -m MFP+SAC

可以使用vcf2phylip将vcf变为phlip格式