Seq-Scope
2021-09-15 本文已影响0人
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Seq-Scope利用 Illumina高通量测序平台对组织的空间转录组进行可视化，分辨率可达0.5–0.8 μm。
原理：首先是对mRNA catcher 即带有不同 barcodes 的DNA片段扩增，使其形成簇，放大信号。
其中P5和P7是用于固定在平台上的接头，HDMI是带有20–32个核苷酸的barcode，Oligo-dT用于捕获mRNA的polyA尾，Dral带有限制酶的酶切位点。
扩增成簇后，进行第一次测序，得到不同BARCODE对应所在的位置信息
再使用限制性内切酶切割露出Oligo-dT，并将组织切片覆盖于平台上。
捕捉到mRNA后以其为模板扩增，再用带接头的随机引物进行扩增，并进行第二次测序，得到不同barcodes对应的cDNA序列信息，与第一次测序的位置信息结合即可得到组织的不同部位的细胞的转录组信息。
参考文献：Cho CS, Xi J, Si Y, Park SR, Hsu JE, Kim M, Jun G, Kang HM, Lee JH. Microscopic examination of spatial transcriptome using Seq-Scope. Cell. 2021 Jun 24;184(13):3559-3572.e22.
