HiC-Pro的安装
2022-05-19 本文已影响0人
大海龟啦啦啦
要使用HiC数据就会不可避免的要使用到HiC-Pro，但是HiC-Pro是一个比较难缠的软件，需要安装的东西比较多，会影响的东西比较多，因此我们使用conda建立一个新环境来安装HiC-Pro。
- 创建一个环境并激活环境
conda create -n hicpro
conda activate hicpro
- 安装python-3.7.11
conda install python=3.7.11
- 安装python所需要的包
pip install argparse iced numpy scipy pandas pysam bx-python
其版本如下
| 软件 | 版本 |
|---|---|
| argparse | 1.4.0 |
| bx-python | 0.8.13 |
| iced | 0.5.10 |
| numpy | 1.21.6 |
| scipy | 1.7.3 |
| pandas | 1.3.5 |
| pysam | 0.19.0 |
比这个版本高也可以使用。
- 安装R包
conda install r-ggplot2=3.0.0
- 安装g++
conda install g++
- 安装samtools和bowtie2
conda install samtools=1.12 bowtie2=2.3.5.1
接下来就是安装软件了。
wget -c https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz
tar -zxvf v3.1.0.tar.gz
cd HiC-Pro-3.1.0
make configure
make install
接下来就安装完了，测试一波。
