ADMIXTURE和STRUCTURE可视化:pong
2023-07-02 本文已影响0人
bioshimmer
pong可以对ADMIXTURE和STRUCTURE等群体结构结果，生成一个网页进行交互可视化。
一、安装
该软件是一个python命令行工具，在windows下使用安装，打开cmd命令行，用以下命令即可安装。
pip install pong
然后打开cmd命令行，输入pong，有提示信息即安装成功。
image.png
二、可视化
pong只需一个filemap文件即可运行,file_map文件为三列，第一列为运行名字，自己取一个即可；第二列为k值，第三列为对应的Q文件路径，每列以Tab键分隔。
image.png
写完file_map文件即可运行。
pong -m file_map
image.png
然后打开浏览器，输入http://localhost:4000，结果还是非常不错的，第一次使用会有一个交互教程。
pong
三、排序分组
这里需要配置另外两个文件，indiv.txt，pop_order.txt。
indiv.txt为每个个体所属分组
indiv.txt
pop_order.txt为分组所要展示的顺序。
pop_order.txt
完成以上两个文件后，运行以下即可。
pong -m file_map -i indiv.txt -n pop_order.txt
pong
NOTE
Q文件和配置文件有多余的空行可能会报错
