受选择基因筛选及富集之下卷
2021-03-07 本文已影响0人
Morriyaty
书接上文,我们得到了每个群体(上文没提到,简单说一下,不同群体受选择基因不同,要分群体来做)受选择基因的ID,接下来我们要对这些基因做一下富集,看看它们都对应了哪些功能。富集的方法有很多很多,相关的文章一搜一大把,因此,在下卷中,我只介绍我觉得好用的一种。当然,个人做法,接受建议,不接受批评~
话不多说,快来开始吧~ 快来开始吧~ 快来开始吧~
用到的工具是Metascape(http://metascape.org/gp/index.html#/main/step1)
这个样子:
用法还是很简单的
step1 选择文件或是把列表粘贴到格子里
step2 选择物种
step3 选择分析方式 智商低于平均值选第一个,稍稍高一点可以选第二个,不出意外我们选第二个
load
然后就出来了四个板块,我们用Enrichment (其他的?别问,问就是没用过)
各种参数可以不用修改,个性化的分析可以自己研究一下。
我们主要对GO Molecular Functions 感兴趣,因此选上。
start
接着就可以Enrichment Analysis了
做的过程中发现P value 0.01效果不好,改为0.05
之后看下分析界面,保存就好了,简单到不想写。
受选择基因筛选及富集我们就练好了,都看到这了,给个赞吧!
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