课程补充----10X官方推荐的scRNA数据call SNV方

作者，Evil Genius

今天我们分享一个比较简单的，10X 官方指定的单细胞call SNV的方法。

VarTrix uses Smith-Waterman alignment to evaluate reads that map to each known input variant locus and assign single cells to these variants。该过程适用于10x单个细胞基因表达数据集。

VarTrix 适用于任何格式正确的序列解析VCF。 VarTrix 适用于SNV、插入和删除。

代码示例

./vartrix -v <path_to_input_vcf> -b <path_to_cellranger_bam> -f <path_to_fasta_file> -c <path_to_cell_barcodes_file> -o <path_for_output_matrix>

其中的参数有一个比较重要，就要-v，需要WES或者WGS分析数据作为候选位点。

引用文章

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