5+易学套路：基因突变+TMB+免疫浸润

2020-03-26 本文已影响0人科研菌

欢迎关注「科研菌」

今天给大家分享的是一篇发表在Aging (Albany NY) (IF=5.515)杂志上的文章EP300 mutation is associated with tumor mutation burden and promotes antitumor immunity in bladder cancer patients。在文章中作者发现EP300突变与肿瘤突变负荷相关，可作为免疫治疗的生物标志物。

EP300 mutation is associated with tumor mutation burden and promotes antitumor immunity in bladder cancer patients

膀胱癌患者的EP300突变与肿瘤突变负荷以及抗肿瘤免疫力的增强相关

一. 研究背景

膀胱癌被定义为一种免疫应答性肿瘤，免疫治疗是目前治疗膀胱癌的一种有效的新辅助疗法，而肿瘤突变负荷（TMB）是预测免疫治疗最普遍的生物标志物。

据报道，膀胱癌的突变率高居第三，但这些基因突变是否与TMB以及免疫应答相关尚不清楚，作者基于此进行分析。

二. 分析流程

分析流程

三. 结果解读

1. 膀胱癌的体细胞突变情况

图1. 膀胱癌常见的突变基因

A图：(数据来源：TCGA) 美国膀胱癌样本中30个频繁突变基因的瀑布图。

B图：(数据来源：ICGC) 中国膀胱癌样本中30个频繁突变基因的瀑布图。

C图：来自TCGA和ICGC队列频繁突变基因的维恩图。

有11个基因同时出现在TCGA与ICGC的队列中，因此作者后续将重点研究这些基因。

2. EP300的突变与TMB以及预后有关

图2. 与预后相关的基因突变

A图：突变型与野生型的TMB差异的箱线图。

作者发现有9种基因的突变型(MT)与野生型(WT)之间存在着显著性差异，随后对其进行Kaplan-Meier分析，以确定TMB升高的基因突变是否与膀胱癌患者的预后相关。

B图：具有基因突变患者的Kaplan-Meier生存分析。

结果显示只有EP300突变与阳性相关，但通过Cox比例风险模型对膀胱癌患者进行单因素和多因素总体生存分析后发现，EP300在多因素时无统计学意义(见表1)，因此EP300突变可能不是影响膀胱癌患者预后的独立因素。

表1. 单因素和多因素cox回归模型

3. EP300突变的富集通路分析

图3. EP300基因突变中显著富集的通路

A-F图：6种信号通路的GSEA分析。

为了研究EP300突变与免疫反应之间的关系，作者用TCGA进行GSEA分析，结果显示EP300突变中免疫系统的相关信号通路显著上调。

4. 膀胱癌中肿瘤浸润免疫细胞与EP300突变相关

图4. EP300突变与肿瘤浸润免疫细胞相关

A图：样品中22个免疫细胞分布的堆积条形图。

B图：EP300突变与未突变的浸润免疫细胞差异的小提琴图。

C图：22种免疫浸润细胞的相关性热图。

作者使用CIBERSORT算法评估了EP300突变与膀胱癌微环境中肿瘤浸润免疫细胞的相关性，证实EP300突变引起了抗肿瘤免疫反应。

本文作者通过对TCGA、ICGC数据库的分析，筛选出与TMB以及预后显著性相关的EP300基因，并联系明星通路，证实其可引起抗肿瘤免疫反应，是检验膀胱癌并进行免疫治疗的新靶点，具有研究价值以及创新性。但Cox算法证明其非独立因素，若能阐明其中机制，可使文章内容更丰富，影响因子并更上一个档次。

还是和往常一样，后台回复「19a」，即可获取今天小编为大家解读的文献。本期的分享就到这里啦，一起期待下一期的精彩分享吧~

本期的文献分享就到这里啦，一起关注「科研菌」，一起期待下期的精彩内容吧

往期热门文章推荐

1. 如何筛出一篇5分文章的核心基因；

2. 筛到5分的核心基因以后你可以怎么做？

3. 干湿结合的miRNA调控网络发7+也不难；

4. 5+单基因在黑色素瘤亚型预后差异；

5. 生信杂志1|被“灌水”的Aging(IF=5.515)还能不能投？

6. 生信杂志2|推荐一本生信友好并且最快1月接受的5+分杂志

7. 生信杂志3|年刊量3000篇预计5+分的JCP

8. 生信杂志4|即将突破5分的Frontiers in Oncology是灌水杂志吗？

9. 生信杂志5|博士毕业神器3+分纯生信杂志：平均一审只要一个月，年刊量1000+