flash双端reads拼接成一条
2019-10-18 本文已影响0人
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命令:
/share/nas2/genome/biosoft/FLASH/flash ../extract_virus_fq/Human_H240-R01-I_good_1.fq ../extract_virus_fq/Human_H240-R01-I_good_2.fq -o R01.fq > R01.log
生成以下文件
[liaoqp@hpc03-c-0-12 FLASH]$ ls R01.*
R01.extendedFrags.fastq R01.histogram R01.notCombined_1.fastq
R01.hist R01.log R01.notCombined_2.fastq
*extendedFrags.fastq为拼接后的reads文件
.histogram为拼接后的长度分布图，直接号的长度代表分布
*.hist为长度分布的数字显示(用于作图)
