总目录:三阴性乳腺癌全外显子分析(wes)(大样本727个)
2019-05-31 本文已影响0人
Y大宽
如果想看小样本的请移步
全外显子测序(wes)数据分析详细流程（小样本）
- 原文可以到我的百度网盘下载链接：提取码：7ml4
- sra地址
- 样本共727个，4.02T，其中279个外显子数据，448个RNA-seq数据。
-
前期同样处理，multiqc部分开始分开处理
详细信息截图如下
注意：Runinfo Table需要下载，后期分离样本要用。
下面详细记录从服务器配置到最终结果的详细过程。
如果处理小样本，可以看全外显子测序(wes)数据分析详细流程（小样本）
0 生信技能树生信服务器配置全攻略
1 登录服务器增加用户
2 服务器基本情况
3 数据处理:sra转成fastq文件4*24h
3_0_4批量对多个测序文件进行fastqc
4 质量控制fastqc和multiqc3*24h
4_0_5一个样本的 trim_galore去接头完整测试报告
5 trim_galore去接头(并行处理)
6 RNA-seq数据和WXS数据分组及改名
6-0-7shell脚本批量对文件改名(名字新旧不相关)
7 比对到参考基因组输出bam文件
[8 gatk4完整流程]
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