[2019总结以及2020年展望]

回顾

生信
2019年7月11日是我开始接触Linux的第一天，也是我开始生信之路的第一天。对于一个从未有过编程基础的人来说，刚开始上手是比较难的，而且我一方面还要兼顾试验，这样感觉进步更缓慢了。我先完成去可视化的任务，然后需要拿大量的时间来做一些低效的工作，不过好在有徐师兄在前面引路，让我从转录组开始入门生信，逐渐对生信有所了解和认识。
因为本身我们组涉及到群体遗传的地方比较多，所以我主要学习了这方面的知识，翻翻自己写过的文章，发现自己学习的东西如下：
1.在R中，认识了数据的基本类型，掌握了按元素和位置来提取不同数据结构的方法。
2.对基本图形的绘制有了了解，能绘制简单的图形。
3.学习了转录组相关的工具，bedtools,hista2,featurecounts,Deseq2，以及clusterprofiller。
4.对基因的共线性有了初步了解，并且在师兄的指导下，绘制了物种共线性的图。
5.物种进化方面也有所涉猎，首先掌握的基础知识，其次是用 OrthoFinder绘制物种进化树，当我师姐提出要加 bootstrap值时，我用fasttree完成了，但是她想要的去除百分号，这个我还尚未完成。
6.正则表达式的问题，这是一门很高深的学问，目前来说，我能做到基础匹配，但是实战经验不足。
7.blast在linux上的使用。
8.表观我们做的不多，我也只是用了psrobot给另一个师兄做了miRNA的预测，后期有个师姐需要我帮忙去分析phase-RNA，这个也可以顺带着学习一下。

科研
1.会制备水稻原生质体，会用奥林巴斯FV1000看荧光。
2.Western做的熟练，但对于抗体抗原的那些事还不是完全了解，对于胶图的分析也有待加强。
3.疑似找到了下游互作蛋白，还需要多种试验手段来说明。
4.从原核中纯化到了蛋白。
5.找到了我用膜蛋白去做 split-luciferase拿不到阳性结果的原因。
6.RT-PCR精确性加强。
7.将群体遗传中的SNP做死了。

展望

生信
1.对序列的处理是基本能力，所以首先我要通过学习正则表达式和grep、sed来完成对序列的处理。
2.使用ggmap完成对未知参考基因组的功能注释。
3.完成对不同病原菌基因组相同基因，以及不同基因SNP、InDel的注释。
4.使用ggplot2绘制高级图形
5.跟老板要一台工作站。

科研
1.完成对互作蛋白 互作试验的验证。
2.拿到 in vitro 磷酸化的结果。
3.找到新的ligand，并赋予其普适性的意义。