2019-01-08总结
2018.1.6听小洁R语言课后总结
小杰的ppt上的图片特别好，很直观，所以留下这几个基础概念，看了这几个图片我就分清了
向量是一维的单一类型的元素集合，矩阵是二维的单一类型的元素集合，数组是多维的单一类型的元素集合，数据框是一个二维或多维的元素集合，相当于excel表格，列表是一个虚拟的大容器，什么都可以装。
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ppt里的关于R的网址
data.frame()函数用法
#data.frame()函数用法
> L3 <- LETTERS[1:3]
> L3
[1] "A" "B" "C"
> fac <- sample(L3, 10, replace = TRUE) #sample是随机取值的意思
> fac
[1] "C" "A" "A" "A" "C" "B" "B" "A" "A" "A"
> (d <- data.frame(x = 1, y = 1:10, fac = fac))
x y fac
1 1 1 C
2 1 2 A
3 1 3 A
4 1 4 A
5 1 5 C
6 1 6 B
7 1 7 B
8 1 8 A
9 1 9 A
10 1 10 A
#matrix()函数用法
m <- matrix(1:12,nrow= 3,byrow = T)
1 1 2 3 4
2 5 6 7 8
3 9 10 11 12
n <- matrix(1:12,nrow= 3,byrow = F)
1 1 4 7 10
2 2 5 8 11
3 3 6 9 12
l <- matrix(1:12,ncol= 3,byrow = T)
1 1 2 3
2 4 5 6
3 7 8 9
4 10 11 12
k <- matrix(1:12,ncol= 3,byrow = F)
1 1 5 9
2 2 6 10
3 3 7 11
4 4 8 12
一篇参考
https://www.cnblogs.com/holbrook/archive/2013/05/16/3081331.html
长的对象长度不是短的对象长度的整倍数👇
https://blog.csdn.net/hongjinlongno1/article/details/52263403
R学习笔记
https://www.cnblogs.com/holbrook/archive/2013/05/16/3081331.html
设置镜像👇👇👇
options(CRAN="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/")
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
> •CRAN：install.packages() #https://cran.r-project.org/web/views/
>
> •Biocductor：install.packages('BiocManager')
>
> BiocManager::install() #https://bioconductor.org/
>
> •Github：devools::install_github()
>
> 注意：包要加引号
下面这两个代码一样出图一样，注意理解
ggplot(data = test) +
geom_point(mapping = aes(x = displ, y = hwy))+
geom_smooth(mapping = aes(x = displ, y = hwy))
ggplot(data = test,mapping = aes(x = displ, y = hwy)) +
geom_point()+
geom_smooth()
image-20190107184219748
P-value(==硬币的例子==)
RPKM, FPKM, TPM有什么区别？
http://www.360doc.com/content/19/0108/10/61694282_807415915.shtml
浅谈RPKM,FPKM,RPM,TPM的区别
https://mp.weixin.qq.com/s/Ka52fGFyfZ1ggomS66YNbQ
StatQuest生物统计学专题 - RPKM,FPKM,TPM
http://www.360doc.com/content/18/0324/16/19913717_739839723.shtml
FPKM与RPKM
其实FPKM同RPKM是一样的，只是RPKM用于单末端测序，而FPKM用于双末端测序。
二代测序时，会将所有的DNA打成片段（fragment），然后再去测序。单末端测序时，一个片段对应一个Read，但是双末端测序时，一个片段会从两端分别测定一次，因此这两个配对Read对应的是同一片段（偶尔也会有一个片段只对应一个Read的情况，另一个Read因为某些原因被剔除或丢失了）。
区别也就在这里，对于FPKM来说，配对到同一片段上的两个Read只会算作一个Read，也就是说FPKM是以Fragment为准，不以Read数为准，其他计算方式是完全一样的。
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转录本
https://www.sohu.com/a/136389445_170798
rna-seq相关名词解释https://blog.csdn.net/qq_29300341/article/details/53159200
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