samtools mpileup结果为空
2020-12-15 本文已影响0人
siyao41
使用varscan2检测肿瘤样本的变异之前，需要先生成pileup文件。根据varsan官网指导，运行命令如下：
samtools mpileup -f [reference sequence] [BAM file] >myData.pileup
此步骤运行多次无结果
google之后，必须加上
-A, --count-orphans do not discard anomalous read pairs
