samtools mpileup结果为空

2020-12-15  本文已影响0人  siyao41

使用varscan2检测肿瘤样本的变异之前,需要先生成pileup文件。根据varsan官网指导,运行命令如下:

samtools mpileup -f [reference sequence] [BAM file] >myData.pileup

此步骤运行多次无结果
google之后,必须加上

-A, --count-orphans     do not discard anomalous read pairs
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