宏基因组Data science

自写微生物数据分析的R包

2022-05-15  本文已影响0人  生信学习者2

前言

我又重新回到了微生物研究领域了,现在特别想写一个适合自己的微生物数据分析的R包,于是昨天开始写了。

架构

和我先前写的MyRtools包类似的架构,只是内容增加了很多。


暂时实现功能(Vignettes效果图)

PERMANOVA

比如很多人邮件我关于PERMANOVA代码,现在MicrobiomeAnalysis提供了完整的函数,大家直接调用就可以啦。PS: 不过对输入数据的格式有要求.

GitHub仓库

MicrobiomeAnalysis,大家可以到这里https://github.com/HuaZou/MicrobiomeAnalysis/releases 下载已经编译好的包。

进展

Differential Analysis

DA部分已经写完,非常感谢microbiomeMarker,现在所有的DA方法都是直接copy了这个包的,极力推荐该包。

网址

提供了最新的包解释网址 MicrobiomeAnalysis package

Help & feedback

欢迎大家提意见给我,邮件或是GitHub issue都可以。

最后希望我能完成架构里面的所有模块和功能吧。加油加油!!!

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