Linux系统下MultiQC软件安装运行
2019-11-19 本文已影响0人
Akuooo
首先我是尝试了用conda来安装,但是出现了一些问题。
错误信息.PNG
安装完成.PNG
调取帮助文档.PNG
sra.PNG
解压文件.PNG
结果.PNG
参考了两篇相关的文章:
①ImportError: No module named conda.cli.
②ln: failed to create symbolic link ‘/usr/bin/pip’: File exists
发现依然不成功,并且conda也无法运行了…
然后我卸载了conda,删除了之前设置的环境变量,重启了终端,重新安装了一遍conda。(感觉应该是在设置的时候把这个环境搞乱了)
conda的卸载
$ rm -rf anaconda3
$ vi .bashrc
# 删除了相关的环境变量
$ source .bashrc
conda的安装
(参照:conda的安装与使用)
$ sh Anaconda3-5.2.0-Linux-x86_64.sh
#激活
$ chmod 777 activate
# 添加channel
$conda config --add channels bioconda
$conda config --add channels conda-forge
下面就开始正式的安装MultiQC了
安装MultiQC
设置+激活环境
由于之前是直接在conda环境中安装的,所以如果出了错可能会导致自己的账户环境就不能用了。所以先要设置一个小环境
参照:conda管理生信软件一文就够
$ conda create -n py3.5 python=3.5
# 这三个都是用来查看已存在的小环境的
$ conda info -e
$ conda info --envs
$ conda env list
#激活小环境
$conda activate py3.5
# 此时便已经进入了设置的小环境,如图
查看conda环境.PNG
查找软件
查找multiqc.PNG
- 从conda网页内查找:http://bioconda.github.io/conda-recipe_index.html
- conda search PACKAGENAME:运行命令查找是否存在
(推荐第一种)
安装multiqc
conda install multiqc
# 调取其帮助文档,确认是否安装成功
$ multiqc -help
安装环境确认.PNG
在询问是否开始安装的时候,输入y(即yes)
安装完成.PNG
调取帮助文档.PNG
运用multiqc
1.首先在NCBI上找到两个序列,我找到的是SRR10338477和SRR10442162
$ prefetch SRR10338477
$ prefetch SRR10442162
于是下载的序列就存储在了/home/akuooo/ncbi/public/sra这个目录里
sra.PNG
copy到我的multiqc_test文件夹里
$ cp SRR10338477.sra ~/Seqs/multiqc_test
$ cp SRR10442162.sra ~/Seqs/multiqc_test
$ cd ~/Seqs/multiqc_test
2.批量解压文件
#编写一个程序,批量解压当前目录的sra文件(参照老师的PPT)
vi 1.sh
#!/bin/sh
for i in *sra
do
echo $i
fastq-dump --gzip --split-files $i
done
$ chmod +x 1.sh
$ ./1.sh
等待运行完成,ls可以看到
解压文件.PNG
3.运用fastqc进行数据质量评价
fastqc SRR10338477_1.fastq.gz SRR10442162_1.fastq.gz SRR10338477_2.fastq.gz SRR10442162_2.fastq.gz
fastqc.PNG
4.运行multiqc
# 直接在当前目录下输入:
$ multiqc .
report.PNG
可以进入图形界面进行查看,也可以把文件下载,在Windows下查看。(如图)
结果.PNG
5.数据解读
可参照:整合QC质控结果的利器——MultiQC
6.退出小环境
$ conda deactivate
ps.下一次激活conda的命令
source activate 环境名