生信星球学习小组第37期 day3 chen

2020-02-16 本文已影响0人 chenxiaoxi

Day3 linux环境下的软件安装 2020-2-16

思维导图——linux下安装软件

linux如何安装软件？

1. 了解“linux的应用商店”——conda

conda是一个开源包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。它适用于Linux，OS X和Windows，是为Python程序创建的，但可以打包和分发任何软件。
Anaconda是一个开源的Python发行版本，包含了conda、python等180多个科学包及其依赖项。因为包含了大量的科学包，所以Anaconda的安装包比较大。如果为了省时间，也可以使用Miniconda这个较小的发行版。
Miniconda是最小的conda安装环境。

来自生信星球

小而精的Miniconda即可满足基本生信需求。

2. 下载及安装miniconda

A. 搜索“miniconda 清华”（是清华的conda镜像网站）

2.1 搜索结果
B. 进入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本
C. 接下来，查看自己服务器是多少位的：输入命令 uname -a
并安装python3.6对应的版本
D. 右键-复制下载链接
E. 安装conda

2.2 下载及安装conda 注：a. 版本一定要下载正确！
b. wget加链接即可开始下载conda：
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
c. conda info可以查看conda的版本等信息

F. 激活conda

2.3 激活conda
G.添加镜像

使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

2.4 添加镜像

3. 使用conda安装及卸载软件

3.1 搜索软件

3.2 安装软件

3.3 卸载软件

4. 什么是conda环境？如何更改？

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。