美国奶牛的基因组选择实施（27/01/2021）
来自George Wiggans的报告（27/01/2021）。
image.png
背景
image.png
目前奶牛育种系统的状态：快速给出报告
image.png
没有使用GS之前：
image.png
美国使用GS的历史：
image.png
DNA的采样分布：
image.png
SNP数据的质控：
image.png
芯片数据：
image.png
公牛与母牛
image.png
为啥测母牛的芯片：
image.png
与其他国家的就换数据：
image.png
其他国家的测芯片数据：
image.png
亲缘的验证和发现：
image.png
填充芯片数据：
image.png
全基因组测序数据：
image.png
image.png
使用单倍型用于繁殖性状影响
image.png
发现染色体异常
image.png
验证祖父（验证系谱）：
image.png
奶牛育种中估计的性状
image.png
最近加入的新性状：
image.png
数据收集
image.png
image.png
饲料摄入数据：
image.png
应用更多的性状
image.png
杂交品种
image.png
GS缩短世代间隔
image.png
增加了近交系数
image.png
AI育种基因牛
image.png
收益
image.png
美国奶牛育种性状的相对权重
注意开始降低产奶量（不是增加）
image.png
image.png
未来的期望
image.png
为啥US作为领导者
image.png
GS的好处总结
image.png
问题
- 遗传估计中控制环境影响吗？
在传统评估（不使用 DNA 数据的评估）中，该模型包含对管理组的影响，即同一牛群中的奶牛在相似的时间产犊。
- 您提到了影响生育能力，早期胚胎死亡的单倍型。你能详细说明一下吗？
30 条牛染色体分为 600 多个片段。填充为我们提供了动物每个片段的 2 个单倍型中的每一个的等位基因。如果我们从未从父母双方找到具有相同单倍型的动物，并且单倍型频率表明我们应该这样做，我们假设存在阻止活小牛出生的致命因素。我们通过查看携带公牛对携带公牛女儿的特定评级是否降低了生育能力来证实我们的假设。我们假设纯合状态导致早期胚胎死亡，因为我们还没有收到这些交配流产的报告。
- 您能否提供更多关于遗传经济指数权衡过程的信息，以及如何平衡最终产品的增值性状与农民的投资回报？
有关详细信息，请参阅终身净值
- 可以接受一定程度的近亲繁殖以维持性状的遗传增益？
是的，近亲繁殖的增加是选择的结果。通过检测有害的隐性遗传和使用交配程序在 DNA 基础上抑制近交水平，可以抵消近交衰退的影响。
- 听起来有点像农田研究中使用的空间校正
评估系统的工作是将观察结果分解为感兴趣的遗传成分和其他因素。有时数据会在评估之前进行调整，而有时效果会包含在模型中。
- CDCB 是否有计划在不久的将来对 SCR 进行基因组评估？
近期没有对 SCR 进行基因组评估的计划。ScCR 被描述为一种表型测量，因为除了遗传学之外，还有许多其他因素决定了一个单位精液的成功。有兴趣确定全基因组中是否存在与公牛生育力相关的任何变体。如果发现重要标记，我们可以报告它们。
- 爱荷华州立大学的 Lizhi Wang 和 Guiping Hu 发表了一些有趣的多性状选择方法
感谢您的参考。多性状分析是一种强大的技术，我们经常在类型性状评估中使用它，在其他一些情况下它正在考虑中。
- 为什么多年来对牛奶产量的重要性下降并在索引中设置为-1？
由于液态奶已成为牛奶使用量的减少部分，更多用于奶酪和其他制成品，牛奶的体积成为运输牛奶成本的一个因素，而不是有价值的成分。
