《学习小组Day3-conda安装-刘沛东》

今天学会了安装miniconda，并在conda中安装fastqc等软件，还新创建了多种conda环境。
“Say hello to linux”
感谢生信星球 .
Stay hungry. Stay foolish

思维导图镇楼https://mubu.com/doc/rakxZnBq

学习小组Day3笔记--刘沛东.png

Miniconda-linux appstore

#下载软件
wget 下载链接 
 #安装软件
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#激活软件
source ~/.bashrc 
#添加清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
#查看软件列表
conda list
#搜索软件
conda search 软件名
#安装软件
conda install 软件名 -y  #-y自动安装
#卸载软件
conda remove 软件名 -y

Conda-environment

#查看conda 环境
conda info --envs 
#添加新环境    ##conda create -n 环境名 software1 software2 -y
conda create -n RNA-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
#激活新环境    ##conda activate name (此时会发现用户名前多了RNAseq）
conda activate RNA-seq
#退出当前环境
conda deactivate 
#卸载环境
conda remove -n 环境命名 --all

written by lpdmed
say hello to linux
2020-07-19