Rank-Abundance Curves绘制

准备数据，即OTU table，原始的或者rare的均可。

下面是绘图代码：

```

library(tidyverse)

library(ggthemes)

library(ggsci)

#加载数据

otutab <- read_tsv("otutab.txt")

# 定义rank函数（需要排除为0的OTU）

myrank <- function(x){

  res <- length(x)-rank(x, ties.method = "first")+1

  res[x==0] <- NA

  return(res)

}

# 生成rank矩阵

otutab_rank <- map_dfr(otutab, myrank)

rownames(otutab_rank) <- rownames(otutab)

# 重塑数据

otutab2 <- otutab %>% rownames_to_column("FeatureID") %>% gather("Group", "Count", -FeatureID)

otutab_rank2 <- otutab_rank %>% rownames_to_column("FeatureID") %>%

  gather("Group", "Rank", -FeatureID)

# 合并otutab数据和ranks数据

data <- left_join(otutab2, otutab_rank2) %>% group_by(Group) %>%

  mutate(Abundance = Count/sum(Count)) %>% na.omit()

# 绘制 Rank-Abundance，注意y轴数据进行对数变化

ggplot(data, aes(x = Rank, y = Abundance, color = Group)) + geom_line() +

  scale_y_log10() +

 scale_color_jco(name = NULL) +

  labs(title="Rank-Abundance Curves") + ylab("% Abundance")+

  theme_bw() +

  theme(panel.grid=element_blank(), plot.title = element_text(lineheight=2.5, face="bold",hjust=0.5))

```

数据概览和结果

原始数据otutab:

otutab

otutab_rank:

otutab_rank

绘图数据data:

绘图数据data

Rank-Abundance曲线

Rank-Abundance曲线