[15]医学图像——.mhd+raw格式图像读取和显示
1.mhd+raw背景
mhd+raw格式是常见的一种医学图像格式，每一个病人的数据包含一个mhd文件和一个同名的raw文件（一一一对应），使用Python的SimpleITK库即可读取。
1）mhd（数据头部信息）：存放数据的非图像信息，如图像大小、切片大小、像素大小等。
2） raw（未加工的数据）：存储病人的图像信息，往往是三维体数据。（可以理解为将该病人不同的dicom切片图像都叠到一起，形成了一个三维图像，也就是我们通常处理的数据）。
2.mhd格式数据
每个病例数据存储都是由一个.mhd和一个.raw格式文件组成，且需要同名且放在同一目录下
2.1 .mhd说明图像数据的信息
将mhd文件用记事本打开即可，mhd中的各项参数十分重要。
参数解释
NDims ：图片的维度
BinaryData：是否用二值存储
TransformMatrix：x, y,z方向（结合向量理解，如 1 0 0表示的就是 x 轴方向向量）
Offset：原点坐标
ElementSpacing：一个体素（图像像素）在xyz（真实世界CT采样）方向上的大小（也是像素间隔大小），其中一般xy对应的spacing是相同的
DimSize：每张slice的二维大小与张数（可理解为图像分辨率，并不是真实大小）
ElementType：MET_SHORT类型，数值有正负
ElementDataFile：头文件对应的原始数据
比如下面的一个.mhd格式文件信息：
ObjectType = Image
NDims = 3 #三维数据
BinaryData = True #二进制数据
BinaryDataByteOrderMSB = False
CompressedData = False
TransformMatrix = 1 0 0 0 1 0 0 0 1 #100,010,001 分别代表x,y,z
Offset = -224.84 -224.84 -99.5 #原点坐标
CenterOfRotation = 0 0 0
AnatomicalOrientation = RAI
ElementSpacing = 0.5 0.5 1 #像素间隔 x,y,z
DimSize = 512 512 200 #数据的大小 x,y,z
ElementType = MET_FLOAT
ElementDataFile = CBCT.raw #数据存储的文件名
2.2 .raw存储图像真正的数据
.raw存储真正的图像数据，该格式可以通过amide或ImageJ等第三方软件打开
3..Python读取和显示mhd图像数据
3.1 python库安装
1）指定源安装库
pip install 模块名 -ihttp://pypi.douban.com/simple--trusted-hostpypi.douban.com
pip3 install threads -ihttps://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/--trusted-hostpypi.tuna.tsinghua.edu.cn
2）python库镜像源
http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/阿里云
https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/中国科技大学
http://pypi.douban.com/simple/豆瓣
https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple/清华大学
http://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/中国科学技术大学
3)打开cmd: 点击“Win+R”，直接下载缺少的模块库
pip install SimpleITK -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com
pip install matplotlib -i http://pypi.douban.com/simple --trusted-host pypi.douban.com
安装库
3.2运行代码
import SimpleITK as sitk #SimpleITK库
import matplotlib.pyplot as plt #matplotlib库
case_path =r'E:\CBCT.mhd' #图像路径
itkimage = sitk.ReadImage(case_path)#这部分给出了关于图像的信息,可以打印处理查看
#print(itkimage)
image = sitk.GetArrayFromImage(itkimage) #z,y,x
#查看第100张图像
plt.figure(1）
plt.imshow(image[100,:,:])
plt.show()
程序截图
显示结果
