conda清华镜像暂不能用的新安装方法
2019-06-01 本文已影响32人
Amy_Cui
miniconda安装软件流程
以前conda镜像有”清华“，”中科大“，但是近几个月，这两个镜像不能用了，你可以试试搜索”conda 清华“、"conda 中科大"，确定一下，万一以后又可以用了呢。有了镜像，安装软件就会很快。
如果国内镜像不能用了，那我们就直接从官方（位于国外）提供的镜像（安装链接）里下载软件并安装，但局限性是下载速度可能有点慢，所以要么安心等待，让软件自己在后台安装去，要么学一下源代码安装软件（对于初学者，我并不建议你这么做，有时候遇到一脸串的问题，可能会让你的分析直接扼杀在安装软件的准备工作上），不过索性，一般官方镜像速度还可以，以我某次在酒店网速测试的结果表明。
安装流程
-
第一步，下载软件。
-
我这边下载好了，你直接复制就好，这是2019的第一版，如果你装了“4.5.11-Linux-x86_64”，虽然不是最新版，但是也不用刻意去更新到最新版conda！
-
或者进入网页：https://conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/install/linux.html
点击miniconda，下载所需版本
-
# 拷贝软件到自己家目录
cp /teach/software/Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh ~
# 相等于下载成功
- 第二步，安装
cd ~
bash Miniconda2-4.5.11-Linux-x86_64.sh
# 遇到yes/no，就输入yes，否则enter。
# 切记操作慢点，最后一个最好输入yes
# 最后一个输入yes，你可以看一下最后几行英语，翻译一下，它告诉你，安装软件后，更改了你家目录下的.bashrc文件
- 第三步，激活.bashrc
# .bashrc一旦被更改，就要激活，使之生效，有两种方法
# 第一种
重启账户，前提家目录下存在.profile等三选一的文件
# 第二种，运行激活.bashrc代码
source ~/.bashrc 或者 . ~/.bashrc
- 第四步，配置环境变量，创建小环境名
conda config --add channels r
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
# 一行一行运行
# 每一行运行的时候，什么都不提示，就是对的，每个代码只运行一次
# 运行正确后，生成一个文件，打开看看
cat ~/.condarc
# 内容如下
channels:
- bioconda
- conda-forge
- r
- defaults
# 创建安装软件的小环境名
# 有这样一个环境名，就可以安装软件到这里，相当于挖一个坑，装点软件
conda create -n rna python=2
# rna是名字，可以随便取。
# 输入y
# 速度测试：大约1-2 min，随网速而定
安装到最后的正确示意
...
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
#
# To activate this environment, use:
# > source activate rna
#
# To deactivate an active environment, use:
# > source deactivate
#
- 第五步，进入环境
source activate rna
- 第六步，开始安装软件
# 学习链接：https://www.jianshu.com/p/369f6caae865
conda install -y bwa gatk4 sra-tools fastqc trim-galore star hisat2 bowtie2 subread htseq multiqc samtools
# 网速慢的话，可以不安装bwa，gatk4
# bwa,gatk4使用无exon外显子分析的，不用于RNA-seq
# 时间测试，大约23.28-04，虽网速，大于20-40分钟
# 还可以使用shell的循环来下载安装以下软件
注意，每安装一个软件，确定命令是否--help成功，决定了软件是否安装成功。具体查看：https://www.jianshu.com/p/369f6caae865
