MAPQ（Mapping Qualities） 用来表示每条read的比对情况，MAPQ越高，表示比对质量越好，后续可以根据分析需要来进行过滤。

MAPQ 定义

根据SAM文件的官方定义：

MAPQ: Mapping Quality. It equals -10 log10 Pr{mapping position is wrong}, rounded to the nearest integer. A value 255 indicates that the mapping quality is not available.

简单翻译一下：MAPQ是mapping的质量值，计算方法与FASTQ的质量值类似。

MAPQ=-10 * log10{mapping出错的概率}

当MAPQ=255的时候，代表MAPQ没有意义，就是一个占位符。

从概率的角度来看，每个read的比对都是一个真实比对的估计，它是一个随机变量，也有可能存在错误。错误的概率可以用 Phred 来衡量。假设一条read的MAPQ的值为 P 表示reads比对错误的概率。

如果mQ 的 值 为 30 ，那么P(比对错误率） 就是 0.1%。

MAPQ的影响因素

基因组重复区域MAPQ会比较低，因为会出现multiple mapping 和 reads聚集的情况；

read 中碱基质量值，低质量值的碱基意味着序列很可能是错误的，错误的序列可能会导致错误的比对，所以MAPQ会低；

比对算法的敏感性，如果比对算法敏感性差，会造成比对错误，MAPQ低；

单双端测序的影响，如果reads两端都可以比对到基因组同一位置，那么比对正确的可能性很大，MAPQ会高；

如果MAPQ在30以上，一般是：
a. read 的全部碱基质量值很高；
b. 比对几乎没有mismatch，1-2bp的mismatch有可能是真是存在的变异；

比对中MAPQ算法

根据mapping的情况，然后结合碱基的测序质量值进行评估。核心思想是，低质量的碱基如果进行了mismatch（错配），那么很有可能是测序错误导致的，不应该罚太多分；低质量的碱基如果与参考基因组完美match（匹配），那么也很有可能是测序错误导致的，不应该加太多分。

在bam文件中，第5列是MAPQ值，一般在后续分析的时候，我们都需要把MAPQ质量过低的reads去掉，一般的cutoff是MAPQ≥10，严格一些的比如去寻找somatic mutation的时候需要MAPQ≥30.

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参考链接：https://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/89115080