1. 安装

Conrad官网：https://www5.cs.fau.de/conrad/

1.1 安装java

java安装推荐采用jdk8，不要采用jdk11，不兼容。

1.2 安装eclipse

不推荐安装新版的eclipse，同样不兼容。

1.3 更新显卡驱动到最新

1.4 导入Conrad包

从GitHub上下载Conrad包，网址：https://github.com/akmaier/CONRAD。该版本的Conrad最为稳定，推荐采用。

1.5 安装推荐

1. win10：

eclipse-2018-12-R + jdk-8u202

2. Mac：

eclipse-java-neon-3 + jdk-8u202

注意：eclipse需要选择java开发者的版本。

1.6 环境变量配置

配置Java环境变量（Mac也需要配置），自行百度搜索。

2. 运行

2.1 开始运行

1. 新建eclipse专用的workspace文件夹，将Conrad解压后的文件夹放置于workspace中。
2. 打开eclipse，选择打开目录为新建的workspace文件夹。
3. 新建Java Project，Project name为workspace中的Conrad解压后的文件名，然后直接点击“完成”完成Conrad包的导入。

4. 将Conrad包中数据层次排列

   
   Screen Shot 2019-03-19 at 21.09.40.png

2.2 检查是否出错

查看Conrad树形结构上是否出现错误标识，如果是警告⚠️则可以忽视。

2.3 运行程序

如图所示，打开ReconstructionPipeLineFrame.java，并用java运行。

Screen Shot 2019-03-19 at 21.11.32.png

第一次运行，一般会出现GPU的选择框，请选择独立显卡，这样之后重建速度会快上很多。
同时右键属性设置内存，看电脑内存多大，我这里设置为8G。

WX20190319-211412@2x.png

2.4 重建操作

1. 用ImageJ打开投影图像文件，为了保存重建图像，需要设置ImageJ

Edit -- Options -- Input/Output，勾选 Save TIFF and raw in Intel byte order

选择当前图像“Use Current ImagePlus”

2. Edit PipeLine设置重建流程，一般如下所示：

   
   WX20190319-211916@2x.png
   

   其中，如果对相衬信息重建，则斜坡滤波器改为希尔伯特滤波器Hilbert Filtering。

3. Edit Configuration设置
   3.1 Volume设置：重建像素可选，一般可由放大比计算得来。重建后的像素大小，则采用

重建像素数目 > 探测器像素数目 * 探测器像素大小 / 放大比 / 重建像素大小。

设置后，点击 Centre Volume，将重建图像居中。

WX20190319-212424@2x.png

3.2 Detector设置：添加探测器像素数目和像素大小。

Configure absorption behavior -- Marerial Path Length Detector -- 4(default)。

Screen Shot 2019-03-19 at 21.26.06.png
3.3 Trajectory设置：一般只需要更改源-探测器间距、源-样本间距、投影数(projection stack size)和投影角度间隔(Average angular increment)，其他默认不变。点击 Define a trajectory，再点击save（最好每页参数设置都点击save）。 WX20190319-213147@2x.png WX20190319-213218@2x.png WX20190319-213230@2x.png

3.4 选择图像输出

Choose Output -- Image Plus Projection Data Sink.

Screen Shot 2019-03-19 at 21.34.03.png

虽然后点击

configure -- Reconstruct

开始重建。重建结束后，将重建结果保留，建议将Reconstruction字眼和重建图像尺寸放入文件命名当中。