conda 使用技巧锦集

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备份

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
  - defaults
show_channel_urls: true
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud

添加 清华镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

一意孤行官方镜像的话：

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels genomedk

https://genome.au.dk/docs/installing-software/

when installation is finished, clear the intermediate files!!!
安装后，瘦身省空间（删除无用的安装包）

$ conda clean -a -y

conda 更新本体

conda update -n base -c defaults conda

conda环境转移复制和pip包的转移复制

conda导出已有环境：

conda env export > environment.yaml
或者
conda list -e > requirements.txt  #更推荐

环境会被保存在 environment.yaml文件中。 当我们想再次创建该环境，或根据别人提供的.yaml文件复现环境时，可以：

#创建新环境安装
conda env create -f environment.yaml
or
conda env create -f  requirements.txt
#当前环境安装
conda install --yes --file requirements.txt  

就可以复现安装环境。
移植过来的环境只是安装了你原来环境里用conda install等命令直接安装的包，你用pip之类装的东西没有移植过来，需要你重新安装。

pip导出安装的库到 requirements.txt

pip freeze > requirements.txt
pip导入requirements.txt中列出的库到系统
pip install -r requirements.txt

conda在指定目录下创建虚拟环境
『上述是在目录 /home/youyouza/PythonProject/cs/下创建名为 assign的虚拟环境 』
conda create --prefix=/home/youyouza/PythonProject/cs/assign python=3.5
『启动虚拟环境』
source activate /home/youyouza/PythonProject/cs/assign
『关闭虚拟环境』
source deactivate /home/youyouza/PythonProject/cs/assign
『删除虚拟环境』
conda remove -n assign --all

参考：
conda在指定目录下创建虚拟环境，conda使用国内镜像
https://genome.au.dk/docs/installing-software/