基因家族分析基因家族

基因家族分析文章之windows环境下两小时基本重现

2018-04-09  本文已影响551人  生信石头

我只是有点伤感

昨天看到生信人公众号开始卖某类服务,其实我本来是没什么感觉的,毕竟只是把灰色交易摆出来,其中如何,大家清楚。我个人并不反对也不支持。然而,我居然看到了TBtools出的图,而且还在示例成果(某个文章)中。很明显,我伤感的不是这个工作没有引用TBtools,毕竟我甚至审过用了TBtools而并没有引用的;我伤感的也不是拿TBtools出的图来卖,毕竟我一直都很乐意别人愿意用TBtools;我伤感的是,TBtools出来图被卖了,还没有得到引用。我很受伤,于是我本来打算花一个小时的时间直接从零开始重现这个文章(实际用了两个小时)。具体原因是,作者挖出来这些基因的方式,似乎并不是其文章写的那么简单
然而,聪明的我,还是不使用linux的情况下,挖出来了

结果展示

作者写的方法是这样子的

其实最后我发现那个pfam和blast是不可能一次出来24个的,evalue也不大可能是那个阈值,所以稍微查了一个文献

既然找出来了,下一步就是什么?

先做一个基因结构,我们用什么?

TBtools啊

再做一个结构域

结构域太单调,那就两个图一起

MEME也做一个

为什么我说这个文章用了TBtools出图?

现在出的图不是这样的,是这样的

其他的,没时间玩了
休息够了,再干半个小时课题,回宿舍,
我的意思是,到这里就差不多了,已经没有继续怼这个事情的心情和时间了

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