复现《nature communications》图表（三）：画

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这篇NC文章的figureS2展现的是样本的信息图，官方的说法是样本时间序列图，很多临床样本在SCI文章中的展示都是采用这种形式。但是这个图并不仅仅可以用于临床样本的展示，在实践中，做动物的，不同时间点做处理的也可以考虑这样做，重点是自己动脑子。

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那么如何实现这个图呢？我们看本质，这个图的本质是柱状图，所以从这里入手，再修饰。画图还是用ggplot2。

由于文章中没有提供具体数据，所以我自己虚构了数据，主要是为了演示。

setwd("D:/生物信息学")
A <- read.csv("A.csv",header = T)
library(ggplot2)
library(paletteer)

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首先，画基本柱状图，将两部分柱状图画出来！

p <- ggplot(A, aes(x=end, y=Sample,fill=stage)) + 
  geom_bar(stat="identity",position="stack")+
  scale_fill_manual(values = c("#FF6633","#3366CC"))+
  labs(title = "Asymptomatic", y="", x = "Time (Days)")+
  theme(panel.background =element_blank())+
  theme(axis.line=element_line(colour="black", size = 0.5))
 p

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之后，再用geom_point将点加入到柱状图上！

p1 <- p+ geom_point(aes(x=mRNA, y=Sample), color="#3da742", size=3.5, shape=21,stroke = 2,fill="yellow")
  geom_point(aes(x=protein, y=Sample),color="red",size=3.5, shape=24,stroke = 2,fill="grey")
p1

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但是做到这里这个图形还是与文章不同，好像是坐标轴和字体，我们进行修改下，将y轴靠近柱状图，最终效果如下。

p2 <- p1 + theme(axis.title = element_text(face = "bold"), 
        plot.title = element_text(face = "bold"), 
        legend.title = element_text(face = "bold"))+
  scale_x_continuous(limits = c(0,60),expand = c(0,0))+
  theme(axis.text.x = element_text(size = 10))+
  theme(axis.text.y = element_text(size = 12))
p2

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最终有一个问题没有解决，那就是legend，不能像文章中那样，点和柱状图分开，目前只能手动修饰，不知道有么有好的办法，欢迎提供建议！！！

最后，我想升华下本章的内容，第一是R画图点的形状复习，这是最基本的，但是小编在操作中有些忘记了，所以翻了书本，先将其截图记忆一下！

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第二，我发现2020年的cell文章主图中也有这种图，可见这种题的常用性。可以模拟这篇文章的数据将这个内容学习一遍，深入理解！

image.gif 图片

最后，制作不易，想要获取示例数据学习的小伙伴，打赏并截图，联系作者可以获取数据以及详细的代码注释！！！